Ngày 20 tháng 3 năm 1801 (ngày Quý Sửu 6 tháng 2 năm Tân Dậu)
Hoàng tử Cảnh mất vì bệnh đậu mùa tại Gia Định, ở tuổi 22. Ánh sai Nguyễn Văn Nhân và Nguyễn Tử Châu giữ Gia Định.
Các giáo sĩ mô tả cái chết của Hoàng tử:
"...Trong khi Nguyễn-Vương chiến-thắng địch và dựng vương-kỳ thay thế cờ ngụy thì Đông-cung (Cảnh) đang ngọa trọng bệnh đường như chỉ trông chờ hỷ-tín ấy đề được yên lòng nhắm mắt. Đông-cung là một vị hoàng-tử đang tuổi thanh-xuân, được quốc-dân ái-mộ vì lòng nghĩa-hiệp và tính ôn-hòa, là người mà vương-quốc Đàng Trong đặt tất cả kỳ-vọng thiết-tha và êm-dịu, người đã công-khai bênh-vực mọi Âu-kiều do vận rủi hoặc sự ngẫu-nhiên dẫn tới xứ này, vị ân-nhân của chúng tôi và có thể mạn phép coi là người bạn chân-chính, thành-thực, người bảo-vệ tín- ngưỡng và giáo-điều của chúng tôi. Hỡi Trời! giám mong phán-quyết của Trời có thể được con người hiểu nổi; còn như nếu có thể chổng lại thiên-mệnh, thì có lẽ đây là một cơ hội để phản-kháng.
Hồi tháng 9, có ba chiếc tàu Áo-môn (Macao) tới đây với vẻ tiều-tụy và thiếu cả cột buồm, v.v... Đông-cung ủy-thác cho tôi giúp đỡ họ; tôi coi ý muốn của ngài như một mệnh-lệnh...
Tôi đã tiếp được 24 khẩu súng trường gửi cho Đông-cung; tôi cử người tới thỉnh lệnh. Đông-cung bảo cứ nhận nếu súng tốt; nếu có khẩu nào hư thì cứ giao cho công-binh xưởng sửa chữa. Tôi đã thi-hành đúng lệnh.
Quan phụ-tá Đông-cung là ông Phó –tướng Nguyễn-Công-Thái.
Ông Bóc Tan (?) là vị Hậu-bổ của Đông-cung và là Chủ-tịch Hội-nghị.
Trấn-thủ tỉnh, Giám-thủ nhận cống-tiễn phẩm.
Ông Jam Thiagne (ông Giám ? không rõ tên) là Đô-Trưởng, võ-quan hải- quân, thanh-tra các pháo đài, cầu cống và đường xá v.v...
Đông-cung đang lâm bệnh-trạng nguy-kịch, nghe thấy tiếng đại-bác nổ, nhiều lần lên tiếng hỏi: “Ô. Barisy đã đi chưa ? “ Một em nhỏ 10 tuổi đang quạt hầu, thấy Đông-cung ba lần lặp lại câu đó mà chẳng ai dám trả lời, bèn nghẹn ngào nói:
— Thưa Điện-hạ, làm sao mà ông ta đi thoát ; hiện giờ người ta đã gông cùm ông ta chỉ vì đã được lòng thương của Điện-hạ và của Đức Vua.
Đông-cung bèn nồi giận đùng đùng, cho triệu Ông Tam-quan (?), thủ-tướng và ban những lệnh kinh-khủng; suốt đêm người ta nghe thấy Đông-cung gọi tên từng chúng tôi. Đông-cung mê sảng dữ dội, kêu gọi Phụ-vương đề xin chiếu- cố chúng tôi. Đông-cung cho người sang yêu cầu giáo-sĩ Liot cầu-khẩn Thượng-đế cho ngài, mong chúng tôi chiếu-cố ngài, và ngài tắt nghỉ lúc 4 giờ sáng.
Ô hô! Điện-hạ! tại sao không có thường dân nào chết thay cho ngài ? Chúng tôi đây là bốn kẻ bất hạnh vong quốc, không có bạn bè, bị vu-khống và phỉ-báng ở khắp nơi, thì lưỡi kéo của Tử-thần lại không thể cắt đứt đời sống của chúng tôi. Còn vị thần-tượng của một dân-tộc, nhân-vật có thể khai-hóa, canh-tân một Đế-quốc lớn, giáo-hóa, khuếch-trương, huấn-luyện nhân dân thì lại mệnh-chung giữa buổi hoa-niên. Hỡi vị Hoàng-tử yêu dấu và bạc-mệnh, ngài đã ghi tạc vào lòng ân nghĩa của đấng quốc-vương bất hạnh của chúng tôi là Vua Louis Thập-lục, ngài đã ban nhiều ân-huệ cho những kẻ đã phục-vụ ngài, và tị-nạn trong lãnh thổ của Phụ-vương ngài, xin ngài nhận cho lòng tôn kính vong linh ngài. Chúng tôi nguyện dựng một Linh-miếu thờ ngài trong tâm-khảm. Nếu mắt chúng tôi tràn lệ là do lòng quyến- luyến chân-thành. Quyền-thế, thời vận, của cải chẳng có nghĩa gì so với lòng ái-mộ và mến yêu của chúng tôi đối với ngài.
Như tôi đã báo để ông rõ, Nguyễn-Vương có dành cho tôi một chiếc tàu, nhưng tôi còn phải tu sửa. Đông-cung đã cấp cho thợ mộc đóng tàu, thợ nhém thuyền, thợ rèn,dầu thô, dầu nhớt, nhựa nhém và mọi thứ cần dùng trong tàu như gề, đinh, giây cột thuyền, đại-bác, thuốc súng, đạn lớn, v/v. Đông-cung mất đi khiến tôi đau đớn ."