Khi thời điểm để tổ chức năm mới vào tháng Hai năm 1657 đến gần, Thế tử đã trở về triều đình và được vua cha tiếp đón với niềm vui và được dân chúng chào đón như một người chiến thắng. Trong khi đó, khi thấy sức khỏe của vua cha suy yếu và nhận ra rằng thời gian sống của ông không còn nhiều, vua đã triệu tập Thế tử, người mà nhiều năm trước đã được tuyên bố là thành công và được đánh giá cao. Chúa đã âu yếm trao cho Thế tử con trai của mình và chính thức trao cho ông quyền cai trị vương quốc vào ngày 25 tháng 5 năm 1657. Chúa đã kèm theo hành động này một bài diễn thuyết khuyên bảo, điều này cho thấy ông là một vị vua có trí tuệ lớn và xứng đáng với vương miện [tháng 4 năm 1655, chúa Nguyễn sai Nguyễn Hữu Tiến, Nguyễn Hữu Dật mang quân vượt sông Gianh đánh Bắc Bố Chính. Tướng Trịnh là Phạm Tất Toàn đầu hàng. Tiến và Dật thừa thắng tiến lên đánh Hoành Sơn, Lê Hữu Đức thua chạy. Tiến và Dật đánh luôn Hà Trung, Lê Văn Hiểu thua chạy nốt, cùng Đức lui về giữ An Trường (Nghệ An). Trịnh Tráng thấy các tướng thua luôn, sai Trịnh Thượng làm thống lĩnh mang quân vào nam, triệu các tướng cũ về. Lê Văn Hiểu bị thương, nửa đường chết, còn Đức bị giáng chức. Trịnh Thượng lãnh binh, tiến quân bộ vào huyện Kỳ Hoa, chia quân thủy tiến đến cửa Kỳ La. Hữu Tiến rút về nam sông Gianh. Trịnh Thượng thấy địch vô cớ rút, biết có mưu nhử nên không đuổi, đóng lại Lạc Xuyên, chia quân ra giữ Hà Trung. Hữu Tiến, Hữu Dật thấy địch không đuổi, liền chia quân thủy bộ đánh ra. Quân Trịnh hai cánh đều thua, quân thủy bỏ Kỳ La về Châu Nhai, quân bộ bỏ Lạc Xuyên về giữ An Trường. Thế là 7 huyện Nghệ An ở phía nam sông Lam là Kỳ Hoa, Thạch Hà, Thiên Lộc, Nghi Xuân, La Sơn, Hương Sơn, Thanh Chương về tay chúa Nguyễn. Trịnh Tráng giáng chức Thượng rồi cử con là Trịnh Tạc vào làm Thống lĩnh. Hữu Tiến thấy viện binh Trịnh bèn lui về giữ Hà Trung. Gặp lúc họ Mạc phía bắc quấy rối, Trịnh Tạc phải rút về bắc, để Đào Quang Nhiêu ở lại đóng ở An Trường, Vũ Văn Thiêm lãnh thủy quân đóng ở Khu Độc; Thân Văn Quang và Mẫn Văn Liên đóng ở Tiếp Vũ. Năm 1656, Hữu Tiến đánh Tiếp Vũ, Quang và Liên bỏ chạy. Hữu Dật phá tan thủy quân của Văn Thiêm, Thiêm cũng chạy. Quân Nguyễn hợp lại đụng Đào Quang Nhiêu, Nhiêu bại trận chạy về giữ An Trường.Trịnh Tráng bèn cử con út là Trịnh Toàn vào cứu viện. Toàn đốc quân tiến đến Thạch Hà, sai Nhiêu và Dương Hồ tiến lên đóng ở Đại Nại và Hương Bộc, Văn Thiêm tiến lên cửa Châu Nhai (cửa khẩu sông Lam). Hữu Dật sai Nguyễn Cửu Kiều một lần nữa đánh tan Văn Thiêm, Thiêm lại bỏ chạy. Dật sang bờ sông Lam hợp binh với Kiều kéo đến Đại Nại. Quân bộ của Hữu Tiến đánh Nhiêu ở Hương Bộc, Trịnh Toàn mang quân đến cứu, đánh bại quân Nguyễn. Sau đó Toàn lại sang đánh quân Nguyễn ở Đại Nại, giết chết Cửu Kiều, quân Nguyễn thua to, chạy về Hà Trung. Toàn và Nhiêu cùng đuổi đến Tam Lộng lại bị Tiến và Dật đánh bại, phải rút về An Trường. Trịnh Tráng bệnh nặng, thế tử Trịnh Tạc cầm quyền điều hành. Thấy Trịnh Toàn rất có uy tín với quân sĩ, Trịnh Tạc lo lắng. Tạc sai con là Căn mang quân vào Nghệ An, tiếng là tăng viện nhưng để kìm chế Trịnh Toàn. Tháng 4 năm 1657, Trịnh Tráng chết, Tây Định vương Trịnh Tạc lên thay. Biết anh em chúa Trịnh bất hòa, chúa Nguyễn sai người đến dụ nhưng Toàn cự tuyệt. Chúa Trịnh cử Trịnh Căn thay Toàn làm Thống lĩnh, triệu Toàn về kinh. Thủ hạ của Toàn một số người sang với Trịnh Căn, một số hàng Nguyễn. Toàn về kinh, chúa Trịnh lấy cớ trách Toàn không chịu tang cha rồi giam vào ngục và giết đi].