Báo cáo thẩm định của Viện Khoa học công nghệ xây dựng - Bộ Xây dựng cho rằng phương án thiết kế của nhà thầu Obayashi (Nhật) về gói thầu xây dựng hầm Thủ Thiêm có nhiều rủi ro. Theo đó, độ lún dự báo của công trình lớn, có khả năng gây nứt hỏng các đốt hầm trước khi đưa vào sử dụng và kiến nghị tìm phương án khác có độ tin cậy cao hơn. Về mặt tiếng ồn, do hầm bằng bê tông cốt thép có độ phẳng cao và được chôn sâu dưới lòng sông nên dòng xe qua lại sẽ tạo nên tiếng ồn khá lớn, Sở Giao thông Vận tải khuyến cáo người dân đi xe máy che kín tai và hạn chế chở trẻ em qua hầm.
Theo báo cáo kết quả kiểm tra của Hội đồng nghiệm thu nhà nước về chất lượng công trình đại lộ Đông - Tây, hàng loạt vết nứt nứt trên tường và bản nắp trên các đốt hầm đã được ghi nhận. Các vết nứt ở thành tường thẳng đứng kéo dài từ 2m - 3m, bề rộng lớn nhất của vết nứt rộng đến 1 mm (theo tiêu chuẩn JSCE 2002 do nhà thầu Obayashi đưa ra thì mức độ bề rộng vết nứt cho phép đối với hầm là dưới 0,28 mm). Các vết nứt cũng xuất hiện ở vị trí giữa các phân đoạn đổ bê tông của mỗi đốt hầm. Các vết nứt này thẳng đứng kéo dài gần như hết
chiều cao đốt hầm, bề rộng vết nứt đến 0,3 mm. Các vết nứt này được khắc phục bằng cách bơm keo epoxy đối với những vết nứt có
chiều rộng lớn hơn 0.15mm và phủ keo epoxy lên bề mặt vết nứt có
chiều rộng nhỏ hơn 0.15mm.
