Lúc này, tại Phú Xuân.
Đắc Tuyên khuynh đảo triều chính, đưa người của mình lên nắm các chức vụ, Cảnh Thịnh vừa bé vùa ngu, lại ác độc, Thịnh rất thích xem người ta giết người rồi cười vui vẻ.
Dù cho Quang Thùy cố giữ, xem ra vận khí Tây Sơn suy hẳn, lộ nguyên hình là một triều đình ăn cướp, bức hại nhân dân. Các tướng Tây Sơn có tâm, có tài đều lần lượt bỏ đi, người ra hàng Nguyễn Ánh, người ở ẩn.
Ngày 19 tháng 3 năm 1795.
Đắc Tuyên bí tiền, bèn cho họp các phụ lão và các giáo sĩ Tây lại, Tuyên bảo ai có tiền nhiều hơn thì cho xây chùa hay làm nhà thờ, các phụ lão bên Lương không có, các giáo sĩ Tây cũng không có, Tuyên bèn ra lệnh 200 làng mới được xây 1 chùa, phá tất cả các chùa, nhà thờ, thánh đường. Tuyên xua quân cướp phá, lấy tượng đẹp bán cho bọn lái buôn nước ngoài. Nhân dân cả bên Lương, Giáo oán Tây Sơn ngút trời.
Ngày 31 tháng 3 năm 1795.
Triều Tây Sơn Cảnh Thịnh do Tuyên lãnh đạo trực tiếp, toàn diện và mọi mặt ra sắc dụ Cấm Đạo, tất cả thánh đường, nhà thờ làm trại lính, quân Tây Sơn đi lùng bắt các giáo sĩ.
Các cơ sở Công Giáo tại Bố Chính, Nghệ An, Thanh Hoá: nhà thờ, nhà xứ, tu viện, trường học, đều bị cướp phá, dân chúng chạy vào rừng trú ẩn lánh nạn.
Cảnh Thịnh đích thân đến xem màn hành hình các giáo dân bị bắt tại Nghệ An, giải vào Phú Xuân, tai đây, Thịnh cho đào một cái ao to, rồi bắt các giáo dân bị bắt ném xuống ao, sau đó cho buộc vào những cái cọc tre, rồi tháo nước vào ao, nước ngập nên người bị hành hình sặc nước giãy giụa, có người chết ngay, có người khỏe giãy bung được cọc, Thịnh ra lệnh cho lính ai vào gần bờ lấy giáo chọc thủng bụng. Thịnh rất là khoái trá.
Tối đến, số giáo dân còn lại, Thịnh cho tẩm dầu đốt cháy.
Trần Quang Diệu là người chống lại việc cấm đạo. Ông chống đối lại việc bắt bỏ tù và đày đoạ các Giáo Sĩ và giáo dân. Vợ chồng ông ( nữ tướng Bùi Thị Xuân) rất có cảm tình với các Giáo Sĩ Thừa Sai. Diệu viết thư cho Tuyên và Thịnh xin đừng làm điều ác, Tuyên và Thịnh bỏ ngoài tai.
Đắc Tuyên từ khi làm Thái sư thì lấy Thiền Lâm tự làm phủ riêng, mọi việc triều chính đều xét xử ở đấy (Rõ là lối làm việc co rút của một ông già, lúc này Tuyên đã 80 tuổi, không hiểu sao ngu thế? có lẽ là vì Tuyên vô học???)
Nguyễn Huệ mất đi, quân tướng quen dưới quyền sai phái của một người chỉ thấy lệ thuộc nhau như những kẻ ngang hàng mà thôi. Đến bây giờ, Đắc Tuyên mà tên chưa từng nghe đến trong chiến trận và tuổi đến 80 thì làm sao cai trị nổi những võ tướng dày dạn, nhiều công lao, bỗng nhiên lại bị coi thường, cho nên càng ngày, đám võ tướng Tây Sơn càng căm Tuyên.
Ngày 5 tháng 7 năm 1795.
Đắc Tuyên bàn nhau với " Quan Kinh lược Bắc HÀ" (không rõ có phải Ngô Văn Sở không? các giáo sĩ không chép tên) là sẽ tiến hành lật đổ Cảnh Thịnh để chiếm ngôi cho con, 2 bên bàn ngày " dựng cờ khởi nghĩa" theo đó sẽ đồ sát tất cả con cháu Nguyễn Huệ, cùng văn võ bá quan ai không nghe cũng xử luôn.
Mọi việc đang tiến hành thuận lợi, phe Tuyên đang chuẩn bị hành sự thì Vũ văn Dũng mới từ Bắc Hà về Phú Xuân bỗng nghi ngờ thái độ của Tuyên, Dũng thấy có kẻ hay đến phủ của Tuyên rồi đi mà không sang phủ Cảnh Thịnh, Dũng bèn đến gặp Thịnh và hỏi: " Bệ hạ hãy đề phòng, người ta đang có kế hoạch ám hại bệ hạ, Bệ hạ hãy cho bắt sứ giả lại"
Cảnh Thịnh nghe lời, không nghĩ đó là người của Đắc Tuyên, sứ giả bị bắt, Sứ giả bị Dũng dùng các biện pháp nghiệp vụ, nên khai ra tất, qua đó Thịnh và Dũng biết còn 20 ngày nữa là kế hoạch của Tuyên sẽ bắt đầu.
Dũng không vào triều nữa, mà lại mật cho mời Thái úy Phạm Công Hưng và Thái bảo Nguyễn Văn Huấn tới bàn mưu giết Ðắc Tuyên. Nhận thấy rõ lòng dạ Ðắc Tuyên, hai viên tướng trên hưởng ứng ngay.
Không ngờ, Cảnh Thịnh lại cho người báo cho Tuyên, Tuyên rụng rời chân tay, vội chạy đến xin Thịnh cứu, Thịnh cho Tuyên ở tại cung vua.
Ðêm đến, cả ba viên tướng trên kéo quân vây dinh Thái sư ở chùa Thiền Lâm (nơi phía Nam sông Hương). Có người báo tin Tuyên đang ở trong cung, quân nổi dậy liền vây luôn cả cung và đòi Cảnh Thịnh phải đưa Thái sư Tuyên ra, Dũng quát lớn là nếu Bệ hạ không nghe, anh em ắt dùng quân pháp thời Tiên vương ( Nguyễn Huệ). Không thể cản ngăn được, Thịnh buộc phải bắt Đắc Tuyên giao nộp.
Hạ ngục Đắc Tuyên xong, Võ Văn Dũng liền cho Nguyễn Văn Huấn vào Quy Nhơn bắt con Đắc Tuyên là Bùi Ðắc Trụ đang giữ việc quân ở nơi ấy, một mặt giả chiếu Cảnh Thịnh ra Bắc Hà bắt luôn Ngô Văn Sở.
Quân Tây Sơn muốn giết Đắc Tuyên và Ngô văn Sở để tế sống vào ngày giỗ vua Quang Trung, Dũng bàn là đem tẩm dầu rồi đốt. Cuối cùng thống nhất là đem Tuyên, Sở và con trai Tuyên là Trụ và khoảng 30 người tham dự âm mưu, nhốt vào cũi, dìm xuống sông Hương cho chết thảm.
Quả thực, cách hành xử của Dũng và đám võ tướng Tây Sơn, sau khi giết Tuyên, không làm cho tình hình sáng sủa thêm, và đó chính là cái kết cho triều đại này, nó lại khoét sâu thêm mâu thuẫn giữa các tướng lĩnh Tây Sơn, bởi lẽ, Trần QUang Diệu và Bùi Thị Xuân vốn là chỗ họ hàng của Tuyên ( Bùi Thị Xuân là con gái của Bùi Đắc Chí, gọi Bùi Đắc Tuyên bằng chú, gọi hoàng hậu Bùi Thị Nhạn bằng cô), ngoài ra còn có nhiều tướng tài Tây Sơn như Lê Trung, Lê Chất, cũng bị phe Dũng vu là " bè đảng Tuyên"
Chưa thắng được quân Nguyễn, vua quan, binh tướng Tây Sơn lại quay ra oánh nhau.