Năm 1776
Nhân lúc quân Trịnh rút khỏi Quảng Nam, các tướng cũ của họ Nguyễn lại nổi dậy chiếm nơi này. Nguyễn Nhạc lại điều Nguyễn Huệ từ Phú Yên ra đánh tan quân Nguyễn, lấy lại Quảng Nam.
Lý Tài, tướng người Hoa, bất mãn vì mất chức chánh tướng về tay Nguyễn Huệ nên nghe theo lời dụ của Tống Phúc Hiệp, sang hàng chúa Nguyễn. Tây Sơn lại mất Phú Yên, do Nguyễn Huệ cử Tài giữ.
Nguyễn Nhạc sai Nguyễn Lữ mang quân theo đường thuỷ vào đánh Gia Định. Nguyễn Phúc Thuần bỏ chạy về Bà Rịa. Nguyễn Lữ chiếm được Gia Định nhưng không lâu sau các tướng Nguyễn là Đỗ Thanh Nhân, Mạc Thiên Tứ, Tống Phúc Hiệp, Lý Tài đang tụ tập dần về Nam Bộ. Nguyễn Lữ liền thu hết kho tàng của chúa Nguyễn rút về Quy Nhơn.
Tại đây, đã diễn ra vụ thảm sát Cù Lao Phố, mang đến không ít tiếng xấu cho quân Tây Sơn.
Trần Thượng Xuyên tự Trần Thắng Tài (? – 1720), người tỉnh Quảng Đông (Trung Quốc), nguyên là tổng binh ba châu: Cao Châu, Lôi Châu, Liêm Châu dưới triều Minh.
Ông được coi là người đầu tiên có công khai khẩn với quy mô lớn vùng đất Biên Hòa, là người được chúa Nguyễn ban danh hiệu cao quý ''Nguyễn vi vương, Trần vi tướng, đại đại công thần bất tuyệt'' (Họ Nguyễn làm vua, họ Trần làm tướng, công khanh đời đời không dứt)
Trần Thượng Xuyên là tướng của chúa Nguyễn và rất trung thành.
Năm 1679, có 4 tướng nhà Minh cùng 3.000 quân và hơn 50 chiến thuyền sang các cửa biển Tư Dung (Thuận An) và Đà Nẵng, xin ở làm dân nước Việt.
Ban đầu nhóm Trần Thượng Xuyên đến Bàn Lân( Biên Hòa) lập nghiệp.
Dân vùng Đông Nam Trung Quốc, vốn thạo nghề mua bán và công nghệ, họ đã phát hiện ra Cù lao Phố, một bãi sa bồi hoang sơ nằm giữa sông Hương Phước (một đoạn của sông Đồng Nai), trải dài trên 7 dặm, bề ngang bằng 2/3 bề dài. Tuy nằm cách biển nhưng là nơi sông sâu, nước chảy, có thể ngược lên phía Bắc khai thác nguồn hàng lâm thổ sản, và phía Nam có thể ra biển Cần Giờ hay sang tận Campuchia.
Cho nên một phần lớn nhóm người Hoa, đã chuyển từ Bàn Lân đến Cù lao Phố. Và cùng với nhóm lưu dân người Việt đến trước, Trần Thượng Xuyên và lực lượng của mình tiến hành khai khẩn quy mô lớn. Với biệt tài tổ chức, chẳng bao lâu ông đã biến vùng đất hoang sơ trở thành thương cảng, trung tâm thương mại và giao dịch quốc tế của cả vùng Gia Định.
Từ sự phát đạt của thương nghiệp đã lôi kéo những ngành nghề thủ công khác đến như: dệt chiếu, tơ lụa, gốm, đúc đồng, nấu đường, làm bột, đồ gỗ gia dụng, chạm khắc gỗ, đóng thuyền, làm pháo v.v...
Tháng 2 năm 1776, Nguyễn Lữ đem quân vào đánh Gia Định, việc Trần Thượng Xuyên cầm binh giúp Chúa Nguyễn lại trở thành một tai họa khi xảy ra cuộc chiến giữa Tây Sơn và Nguyễn.
Quân Tây Sơn đốt sạch nhà cửa, tiệm buôn, phố xá, kho tàng đều bị phá hủy. Đường xá bị đào bới vì nghĩ người Hoa chôn vàng. Gần như toàn bộ người Hoa ở đây đều bị chém chết, xác người lấp hết dòng sông quanh cù lao, nước đỏ ngầu vì máu. Đến cả tháng sau, những người sống sót không ai dám dùng nước ở sông vì ô nhiễm. Cả một vùng thương cảng sầm uất đã thành chiến địa tan hoang.
Những người Hoa còn sống sót đã bồng bế nhau lánh nạn về Bến Nghé và là những người đã gây dựng lại sự nghiệp, thành lập vùng Chợ Lớn về sau này.
Nguyễn Lữ cùng đạo quân đã cướp được của cải, thóc lúa chở trên 200 chiếc thuyền chạy về Quy Nhơn.
Các sử liệu trên đây, căn cứ theo các giáo sĩ, thể chưa đúng sự thực, em cứ tạm để chờ ngâm cứu kỹ thêm. Các cụ chỉ xem đây là tham khảo.
