Canh Tý, Thận Đức năm thứ 1 [1600], (Từ tháng 11 trở về sau là Hoằng Định năm thứ 1; Minh Vạn Lịch năm thứ 28)… Bấy giờ, Thái uý Đoan Quốc công Nguyễn Hoàng ngầm sai bọn Kế Quận công Phan Ngạn, Tráng Quận công Ngô Đình Nga, Mỹ Quận công Bùi Văn Khuê mưu phản. Bình An Vương cùng các quan đương bàn việc đánh dẹp, Hoàng muốn kế của mình trôi chảy, giả vờ xin đem quân đuổi đánh, rồi đốt hết doanh trại, trốn về Thuận Hoá . Bấy giờ trong nước loạn lạc, lòng người dao động, Vương bèn hộ vệ hoàng thượng trở về [Tây Đô] để lo giữ đất căn bản.”22
Về phần họ Trịnh, Trịnh Kiểm đã chết Trịnh Tùng tuy có thế lực đấy nhưng Nguyễn Hoàng lại ngang bậc cha chú của Trịnh Tùng, với uy thế của Nguyễn Kim trước đây và uy tín của bản thân Nguyễn Hoàng hoàn toàn có thể là mối nguy hại với Trịnh Tùng.
Về phần họ Nguyễn, Nguyễn Hoàng ra Bắc lập được khá nhiều quân công, được thăng chức cũng trở thành một thế lực bên cạnh vua Lê. Và khi Trịnh Kiểm chết, ai dám chắc Nguyễn Hoàng không nuôi ý đồ gạt Trịnh Tùng ra khỏi ngôi tướng? Chỉ cần nắm được hiệu lệnh thiên tử, Nguyễn Hoàng sẽ thống nhất Nam Bắc dưới quyền mình. Họ Trịnh có thể không lo lắng điều đó chăng? Dã tâm quyền lực khiến con người ta tìm mọi mưu sâu kế hiểm để loại trừ lẫn nhau. Đúng lúc này mối quan hệ chính trị gia đình giữa hai dòng họ dường như đã lâm vào thế mâu thuẫn cực độ bắt đầu có dấu hiệu rạn nứt và muốn triệt tiêu lẫn nhau. Nguyễn Hoàng là người sâu xa, thấy nước cờ của mình bị bắt bài thì ngay lập tức phản ứng nhanh trốn về Thuận Hóa ngay. Giả sử, nếu Nguyễn Hoàng ra Bắc mà bị quản thúc giam lõng thì cục diện sẽ thay đổi hoàn toàn. Thêm một lần nữa, Họ Trịnh vẫn không có chủ đích nghi ngờ nhắm vào Nguyễn Hoàng.
Và cho đến sau này khi họ Nguyễn đã phục hưng đăng đế, triều Nguyễn vẫn có những ưu ái cho dòng họ trịnh ở Thanh Hóa cũng như miền bắc. Nếu thật sự có thù xưa thì kể cả thù cũ lẫn tội mới họ Nguyễn có thể tránh tiếng xấu mà không truy cứu nhưng ưu ái để họ Trịnh vẫn là một danh gia vọng tộc ở xứ bắc lại còn đối đãi rất hậu như vậy thì có vẻ không được thuận lý cho lắm.
Sai chọn người dòng dõi họ Trịnh để giữ việc thờ cúng họ Trịnh. Trước là khi đại giá Bắc phạt, người họ Trịnh ai ai cũng sợ bị giết. Vua thấu rõ tâm tình, xuống chiếu dụ rằng: “Tiên thế ta với họ Trịnh vốn là nghĩa thông gia. Trung gian Nam Bắc chia đôi, dần nên ngăn cách, đó là việc đã qua của người trước, không nên nói nữa. Ngày nay trong ngoài một nhà, nghĩ lại mối tình thích thuộc bao đời, thương người còn sống, nhớ người đã mất, nên lấy tình hậu mà đối xử. Vậy nên cùng báo cho nhau, họp chọn lấy một người trưởng họ giữ việc thờ cúng, để giữ tình nghĩa đời đời”.23
Cấp ruộng thờ cho họ Trịnh, sai Trịnh Tư coi giữ việc thờ cúng. Chiếu rằng : “Tiên tổ nhà ngươi vốn là người thông gia. Trung gian Nam Bắc chia đôi bờ cõi, đều là công việc đã qua. Từ khi nhà Lê mất ngôi, nơi thờ họ Trịnh bỏ nát. Nay ta một trận dẹp yên, bốn biển trong lặng, nói đến tình thân qua cát, nghĩ cũng nên thương. Vậy cho ngươi coi giữ việc thờ tự họ Trịnh, cấp cho ruộng 500 mẫu để thờ cúng”. (Hằng năm thu tô được 333 hộc lúa, 75 quan tiền). Lại tha binh dao, và thân thuế cho 247 người họ Trịnh.24
Trong mối quan hệ chính trị gia đình giữa hai dòng họ Trịnh Nguyễn, Trịnh Kiểm không hề bức hại Nguyễn Hoàng cũng không phải quá ngây thơ để rồi đi sai nước cờ chết người như vậy. Đó chỉ có thể là một cuộc phân chia quyền lực vùng giữa hai dòng họ cầm quyền đương thời. Trịnh Kiểm sòng phẳng và Nguyễn Hoàng thì biết điều, họ Trịnh muốn giảm nhiệt mối mâu thuẫn Trịnh-Nguyễn thì phải “tống cổ” Nguyễn Hoàng đi, đơn giản thà rằng để cái xứ ác địa khó nhai đó cho họ Nguyễn còn hơn là rơi vào tay họ Mạc đang vùng vẫy khắp nơi. Sự phân chia này lúc đầu diễn ra khá êm đẹp nhưng lại chỉ có thể giải quyết mâu thuẫn quyền lực một cách tức thời. Để rồi thời cuộc biến đảo và những người kế nhiệm không còn tuân theo thỏa thuận chính trị đó nữa. Tất yếu sẽ phải giải quyết mâu thuẫn bằng chiến tranh, sự phân chia quyền lực bằng đối kháng kẻ mạnh thôn tính kẻ yếu để chiếm lấy bá quyền một khi nhà Mạc không còn là mối nguy cho cả hai dòng họ Trịnh-Nguyễn nữa.