Năm 1191 tại Vijaya, Surya Jayavarman (hoàng tử In) bị Rasupati, một hoàng thân Champa, đánh bại phải chạy về lại Chân Lạp. Rasupati tự xưng là vua xứ Vijaya, hiệu Jaya Indravarman V. Không nhìn nhận vương quyền mới này, Jayavarman VII cho Jaya Indravarman IV (cựu vương Chiêm Thành và cũng là thân phụ của hoàng tử In) về Bắc Chiêm Thành chiếm lại ngôi báu. Jaya Indravarman IV được Suryavarman (hoàng thân Sri Vidyananda) tiếp sức mới chiếm được Vijaya, Rasupati (Jaya Indravarman V) bị xử trảm. Thay vì giao thành lại cho vua Chăm cũ, Suryavarman chiếm luôn Vijaya ; Jaya Indravarman IV liền kêu gọi dân chúng tại Amavarati và các làng Ulik, Vyar, Jriy, Traik chống lại. Năm 1192, Jaya Indravarman IV bị tử trận tại Traik. Suryavarman thống nhất lại đất nước, lên ngôi vua và tìm cách tách khỏi ảnh hưởng của đế quốc Angkor.
Hay tin hoàng thân Suryavarman làm phản, Jayavarman VII cử đại quân, trong số này có cả người Thượng (do tướng Jai Ramya cầm đầu), sang đánh Chiêm Thành. Cuộc chiến kéo dài từ 1193 đến 1194, đại quân Khmer bị đánh bại. Thay vì theo quân Khmer về nước, một người Djarai tên Sri Agara chiếm một vùng đất lớn từ Amavarati đến Pidhyan (Phú Giang, bắc Phú Yên) rồi tự xưng vương năm 1193, hiệu Patau Ajna Po Ku.
Tuy đẩy lui được quân Khmer, Suryavarman vẫn lo sợ. Năm 1194, ông dời cư lên Amaravati (Quảng Nam) tránh nạn và giao hảo tốt với Đại Việt năm 1198, bằng cách triều cống hằng năm, và được vua Lý Cao Tông (Long Cán) phong vương năm 1199. Đất nước được thái bình trong vài năm thì Suryavarman bị chú là Yuvaraja on Dhanapati Grama (Bố Do) soán ngôi năm 1203. Dhanapati Grama đưa quân Khmer vào chiếm Amaravati, Suryavarman dẫn một hải đội hơn 200 chiến thuyền chạy vào cửa Cửu La (Nghệ An) xin tị nạn. Tại đây, vị hoàng thân Chăm (người Việt gọi là Bố Trì) bị Dĩ Mông và Phạm Giêng, hai quan trấn thủ Nghệ An, nghi ngờ. Suryavarman rất buồn lòng, dùng mưu đốt thuyền của Phạm Giêng và giăng buồm ra khơi mất tích.
Dhanapati được lệnh vua Khmer đánh dẹp các cuộc nổi loạn tại Chiêm Thành, đặc biệt là trên cao nguyên. Patau Ajna Po Ku bị bắt sống đem về Chân Lạp trị tội. Dhanapati được phong toàn quyền cai trị xứ Chiêm Thành. Chiêm Thành trở thành một tỉnh của đế quốc Angkor lần thứ hai. Dhanapati được con trưởng của Jaya Harivarman II (1162-1167), sinh sống tại Chân Lạp, tên Ansaraja Turaivijaya phụ lực cai trị Chiêm Thành. Turaivijaya cai quản đất Amavarati, tổ chức nhiều cuộc tấn công vào lãnh thổ Đại Việt (Nghệ An) trong những năm 1207, 1216 và 1218 ; tất cả đều bị quan trấn thủ Nghệ An Lý Bất Nhiêm đẩy lui. Chiêm Thành bị đế quốc Angkor tái đô hộ trong suốt 17 năm (1203-1220). Năm 1220 bị quân Xiêm La làm áp lực tại chính quốc, quân Khmer rút khỏi Chiêm Thành. Trong gần 100 năm chống chọi và bị Angkor đô hộ, Chiêm Thành bị kiệt quệ.
Quân Chân Lạp vừa rút khỏi Chiêm Thành, hoàng tử Ansaraja Turaivijaya (tên Khmer là Sri Ajirang) được hoàng tộc Chăm tôn lên làm vua, hiệu Jaya Paramesvaravarman II, đóng đô tại Viyaja. Vừa lên ngôi, tân vương cho xây lại những tượng đài bị đập phá tại tháp Sri Sanabhadresvara (Mỹ Sơn) và Po Nagar (Nha Trang), xây thêm các đập nước, mở rộng diện tích dinh điền, đất nước phồn thịnh trở lại ; nhiều bộ lạc Thượng trên Tây Nguyên về thần phục. Năm 1230, hoàng tử Abhimanyuvarman, một vương tôn tỉnh Pankaja người Cathei, được Jaya Paramesvaravarman II cử làm thống lãnh đất Panduranga. Những tiểu vương kế nghiệp ông được biết đến sau này tại Panduranga là Po Unvavah, Po Binasur, Po Putrik v.v... (Tên những vương tôn Chăm tại miền Nam Chiêm Thành, hay tại Panduranga sau này, đều kèm theo chữ Po (Pô, Pu, Pou hay Poh), có nghĩa là Ông, Ngài hay Vua). Năm 1244, vua Chiêm tổ chức nhiều đợt tấn công vào duyên hải Nghệ An và Thanh Hóa, chiếm đóng Bố Chính, Địa Lý và Ma Linh.
Tại Đại Việt, sau khi ổn định triều chính, năm 1252 Trần Thái Tôn dẫn đại quân đi đánh Chiêm Thành. Cuộc tiến công kéo dài gần một năm, thành Vijaya thắt thủ, vương phi Bố Gia La cùng nhiều cung phi, tù binh và quan chức triều đình Chăm bĩ bắt mang về Đại Việt. Jaya Paramesvaravarman II bị tử trận năm 1254, em là hoàng tử Sakan Vijaya lên thay, hiệu Jaya Indravarman VI. Jaya Indravarman VI duy trì giao hảo với Đại Việt, triều cống đều đặn. Năm 1257, nhà Trần rút quân về nước, lúc đó đang bị quân Nguyên (Mông Cổ) đe dọa.
Năm 1257, Jaya Indravarman VI bị ám sát, hoàng tử Pulyan Sri Yuvaraja, con người chị (công chúa Suryadevi) lên thay, hiệu Jaya Sinhavarman VI. Năm 1266, hoàng tử Chay Nuk, con Jaya Paramesvaravarman II, lên kế vị, hiệu Indravarman V. Indravarman V tiếp tục giao hảo tốt với Đại Việt. Năm 1278, Indravarman V sai hai sứ giả (Bồ Tinh và Bồ Đột) sang Đại Việt xin bảo hộ và thành lập một liên minh chống lại quân Mông Cổ.
Hay tin này, năm 1281, vua Nguyên (Hốt Tất Liệt) cử hữu thống chế Toa Đô (Sogatu) và tả thống chế Lưu Thâm cùng tham chính A Lý và Ô Mã Nhi mang
10 vạn thủy binh từ Quảng Châu sang Chiêm Thành buộc Indravarman V phải đích thân về Trung Nguyên triều cống. Không chống nổi quân Mông Cổ, Indravarman V chịu đặt Chiêm Thành dưới sự bảo hộ của nhà Nguyên năm 1282. Toa Đô được nhà Nguyên phong làm thống đốc toàn quyền cai trị xứ Chiêm Thành, tiểu vương Chăm nào chịu theo quân Nguyên đều được phong làm phó vương.
Hoàng tử Harijit Po Devada Svor (hay Po Depitathor), con Indravarman V, cùng mẹ là hoàng hậu Gaurendraksmi, không chấp nhận sự đô hộ của Mông Cổ rút vào rừng, tổ chức kháng chiến. Harijit mộ được khoảng 20.000 người, gồm đủ mọi các sắc tộc Thượng sinh sống trên cao nguyên Ya Heou, phía tây bắc Chiêm Thành, tấn công quân Nguyên trên khắp lãnh thổ Bắc Chiêm Thành. Năm 1283, Toa Đô dẫn đầu một đoàn quân gồm 5.000 người, 100 tàu và 250 thuyền đi dọc theo bờ biển và các con sông lớn đổ bộ lên Tây Nguyên nhưng bị đánh bại. Quân Mông Cổ - một phần bị bệnh tật, không chịu đựng nổi khí hậu nóng nực của miền nhiệt đới, một phần vì đói kém, thiếu tiếp liệu từ lục địa - phải rút về trấn giữ đồng bằng.
Tháng 4-1285, Toa Đô cùng Ô Mã Nhi mang hải đội từ Chiêm Thành, trong đó có đội thủy binh người Chăm, tiến lên ra Bắc hợp với Thoát Hoan vây thành Thăng Long, kinh đô của Đại Việt. Quân của Thoát Hoan bị quân Trần đánh bại phải rút về nội địa, quân của Toa Đô bị đánh tan tại Nghệ An. Toa Đô bị chết tại trận, quân Trần bắt được rất nhiều tù binh Mông Cổ và Chăm, trong đó có hai tướng Chăm tên Lậu Khê và Na Liên, bị trả về cho vua Chiêm Thành xử tội. Những binh lính Chăm khác theo Mông Cổ, không dám về lại quê cũ, theo quân Nguyên về Hoa lục và được cho định cư trên đảo Hải Nàm, bờ biển nam Quảng Châu, nơi đã có nhiều người Chăm khác đến lập nghiệp từ năm 992 dưới thời Lưu Kỳ Tông. Những binh lính Chăm này, đa số theo đạo Hồi, đã lập gia đình với người địa phương và ở lại lập nghiệp. Đây là đợt di dân thứ hai của người Champa ra hải ngoại.
Năm 1288 Indravarman V mất, hoàng tử Harijit lên ngôi, hiệu Jaya Sinhavarman III (Chế Mân), đặt kinh đô tại Vijaya. Mặc dù không triều cống nhà Trần, bang giao giữa Đại Việt và Chiêm Thành rất là thắm thiết. Chỉ một thời gian ngắn sau Chiêm Thành hùng mạnh trở lại, các vương quốc lân bang, trong có Đại Việt cử người sang thông hiếu đều đặn. Nhiều đền đài được xây cất cả tại đồng bằng lẫn trên cao nguyên. Chế Mân cho xây một tháp trên đồi Chok Hala, gọi là đồi Trầu, để dân chúng đến tế lễ, sau này là tháp Po Klong Garai (Tháp Chàm Phan Rang).
Năm 1292 và 1293, trên đường tiến đánh Java (Indonesia) và Madjapahit (Mã Lai) quân Mông Cổ xin vào bờ mua tiếp liệu nhưng bị Chế Mân từ chối, phải giương buồm đi tiếp. Cũng nên biết Chế Mân có rất nhiều quan hệ tình cảm với các tiểu vương Nam Đảo. Vợ cả của Chế Mân là vương phi Bhaskaradevi, con một đại vương Java ; thứ phi là hoàng hậu Tapasi, con gái một tiểu vương Yavadvipa (Mã Lai). Lãnh thổ Chiêm Thành trong thời kỳ này được nới rộng lên cao nguyên Darlac và Langbian, Chế Mân cho xây một đền thờ tại Yang Prong (An Khê) để đón nhận phẩm vật triều cống của những bộ lạc Thượng trên Tây Nguyên.