Ngày 1 tháng 8 năm Nhâm Thìn ( 1832) Tả Quân tạ thế [9] , vua Minh Mạng bãi bỏ chức Tổng Trấn Gia Định Thành, giống như đã bãi chức Tổng Trấn Bắc Thành trước đó, thực hiện chế độ trung ương tập quyền. Đất Nam kỳ chia ra sáu tỉnh ( về sau quen gọi Nam kỳ lục tỉnh) [10] , Nguyễn Văn Quế được bổ làm Tổng Đốc Gia Định, Bạch Xuân Nguyên làm Bố Chánh, Nguyễn Chương Đạt làm Án Sát. Bạch Xuân Nguyên là tên vốn tính tham tàn [11] , đã tự tuyên bố là vâng mật chỉ truy xét việc riêng của Lê Văn Duyệt Nguyên vạch lá tìm sâu, moi móc những việc làm trong quá khứ của Tả Quân rồi gán ghép tội lỗi, cho bắt bớ giam cầm những người thân tín của Tả Quân.
Bố Chánh Nguyên tra hỏi Khôi rất gắt về hai việc làm trước kia của Tả Quân: một là việc sai quân vào rừng Quang Hóa (nay là Trảng Bàng ) đốn cây to và hai là ghi chép chi tiêu công quỹ không rõ ràng. Về việc thứ nhất Khôi cãi là đốn cây để dùng vào sửa lại đồn lũy hư nát, cùng là đóng chiến thuyền phòng quân Xiêm. Nguyên bẻ: “Nếu Lê Văn Duyệt muốn phòng quân Xiêm, tại sao không xây đồn luỹ kiên cố ở Hà Tiên mà xây ở Phiên An, có phải để đào hào cho sâu, xây thành cho cao mà mưu phản nghịch?”. Về khoản ghi chép sổ sách, Nguyên cũng hạch hỏi tại sao không ghi chi tiết những khoản chi mà chỉ ghi là “Tả Quân chi dụng” [12] , Khôi lúng túng không biết trả lời ra sao. Trong lúc tra vấn, Nguyên luôn miệng kêu Duyệt này Duyệt nọ không hề kiêng nể, bọn Khôi lớn tiếng mắng lại thì bị tra tấn và hạ ngục liền.
Ngày 18 tháng 5 năm Quý Tỵ ( 1833), Khôi cùng với 27 người lính Hồi Lương Thanh Nghệ nổi dậy xông vào dinh Bố Chánh, giết cả nhà Bạch Xuân Nguyên; Tổng Đốc Nguyễn Văn Quế đem binh sang ứng cứu cũng bị giết nốt. Ngày 20 có quan Chưởng Thủy là Lê Văn Bốn đem thủy binh đến đánh nhưng bị thua, phải xuống thuyền rút lui. Quân cứu viện triều đình bị Khôi chặn đánh ở Biên Hòa không sao tiến lên được, trong không đầy một tháng cả sáu tỉnh Nam Kỳ đều rơi vào tay Khôi [13] .
Một sai lầm của Khôi vô tình rất có lợi cho triều đình là chia hai đất chiếm được ,một nữa từ Gia Định về Hà Tiên cắt giao cho Thái Công Triều, lực lượng trở nên suy yếu, cộng thêm nghe tin quân triều đình sắp vào nam, các địa chủ phú hào bỏ Khôi trở sang ủng hộ quân triều, kể cả Thái Công Triều cũng hàng nốt, đến cuối tháng 8 năm đó lần lượt năm tỉnh đều được lấy lại. Khôi tự liệu chống không lại, bèn rút vào thành PhiênAn cố thủ. Quân Xiêm do Khôi xin cứu viện bị Trương Minh Giảng đánh tan tành ở Vàm Nao. Tháng chạp năm Quý Tỵ (đầu năm 1834) Khôi ốm chết trong thành, con là Câu (tên thực là Lê Văn Cu, thường gọi Cu lớn ) thay thế làm nguyên soái lúc mới 10 tuổi.
Ngày 16 tháng 7 năm Ất Mùi (1835 ) thành Phiên An thất thủ, tổng số quân nổi dậy và vợ con bị giết là 554 người, số bị bắt và đem chém là 1278, trong số có cả trẻ con và đàn bà , chôn chung một hố gọi là Mã Ngụy; địa điểm ngày nay gần Công trường Dân chủ (Quận 10), góc đường Trần Quốc Toản ( nay là 3 tháng 2) và Lê Văn Duyệt ( nay là Cách Mạng tháng 8 ); khu vực gần trại giam Chí Hòa nhưng nay đã bị nhà cửa lấp mất; trên dựng bia đề “Nghịch tặc nhất võng tính thu” (nơi bọn nghịch tặc bị bắt chung một lưới giết hết), mãi đến mấy năm sau mà đất nơi ấy hãy còn xục xịch, sình lên sụp xuống! Sáu người bị bỏ cũi giải về Kinh trị tội có cố Du ( Marchand) , Mạch Tấn Giai Bang trưởng người Minh Hương, con trai nhỏ của Khôi, ông Hoành và ông Trắm. Tất cả đều chịu tội tùng xẻo!. Thây Khôi bị đào lên , chặt đầu bỏ hòm đưa về kinh. Thái Công Triều và Nguyễn Chương Đạt được gia ân xử chém.
Bình xong loạn Lê Văn Khôi, vua Minh Mạng sai phá thành Phiên An đi, xây lại thành khác nhỏ hơn. Ngự sử Phan Bá Đạt dâng sớ xin truy đoạt quan chức của Tả Quân và giao vợ con Ngài cho Hình Bộ làm án. Minh Mạng bèn giao xuống cho đình thần luận tội và kết án Tả Quân. Các quan lớn nhỏ nhao nhao lên bới lông tìm vết, vạch ra các việc làm “không thể dung thứ được” của Tả Quân mà khi Ngài còn sống không hề có một người nào dám nói là sai trái cả. Tất cả là để được lòng một ông vua mà họ biết không ưa gì Tả Quân. Vài hôm sau có nhóm nội các là Hà Quyền, Hoàng Quýnh và Nguyễn Tri Phương dâng bản nghị tội Tả Quân, vua ưng chuẩn đưa đình thần nghị án. Án nghị gồm:
Bảy tội đáng trảm (xử chém) :
1. Tự tiện sai người đi sang Miến Điện, âm kết ngoại giao.
2. Xin được giao tàu Anh về thành để tỏ ( với nước ngoài) là có uy quyền.
3. Xin giết thị vệ là Trần Văn Tình để bịt miệng người.
4. Kháng sớ xin giữ lại quan viên dưới quyền đã có lệnh bổ đi nơi khác.
5. Cậy bè đảng riêng mà xin tăng thọ cho Lê Chất.
6. Giấu chứa giấy ngự bảo.
7. Gọi mồ cha là “Lăng” và dám tự xưng là “ cô”.
Hai tội đáng giảo ( treo cổ) :
1. Cố xin dung nạp người Miến Điện sang xin thông sứ hai nước.
2. Dám nói với người khác là xin được quẻ thẻ có câu “ hoàng bào”.
Một tội đáng phát phối sung quân:
Tự tiện sai lính đẳn gỗ đóng thuyền.
( Xin xem phần chú thích [15] bên dưới, giải thích về các tội trên)
Sau hết, trong sự biến Phiên An, Duyệt là đầu vạ đáng khép tội lăng trì nhưng hắn đã mất, xin thu hết bằng sắc rồi đào mả, phá quách phanh thây để làm gương răn đời. Tất cả sắc phong cho tằng tổ, tổ phụ của hắn xin thu lại, thê thiếp và con cháu xa gần đều theo thứ tự xử tội, tài sản bị tịch thu hết.
Án dâng lên, vua Minh Mạng dụ rằng “ …Tội Lê Văn Duyệt nhổ từng cái tóc cũng không kể hết, nói ra đau lòng, dù có bổ quan quách mà giết thây cũng là đáng tội. Song nghĩ hắn chết đã lâu, và đã truy đoạt quan tước; xương khô trong mã, bỏ gia hình. Vậy cho Tổng Đốc Gia Định đến chỗ mả hắn, san bằng đi rồi dựng lên đó tấm bia đá khắc tám chữ: “Quyền yêm Lê Văn Duyệt phục pháp xứ” (nơi hoạn quan lộng quyền Lê Văn Duyệt chịu hình phạt) để chính tội danh cho kẻ chết, mà tỏ phép nước về sau, khiến cho những kẻ gian lo sợ mà tự răn mình….”.
Mộ của Tả Quân sau đó bị san phẳng, có xiềng xích bao xung quanh. Mộ của cha mẹ Tả Quân ở Long Hưng ( Mỹ Tho) bị đục bỏ tước hiệu khắc trên bia. Đáng lý bản án tử đối với những người trong thân tộc Tả Quân phải thi hành ngay nhưng nghĩ đến công lao của Ngài, thảy đều được gia ân cho hưởng án trảm giam hậu (lên án chém nhưng hoãn thi hành chờ xét lại), kéo dài đến 1838 thì có lịnh phát phối sung quân đàn ông trên mười lăm tuổi, mười ba người đàn bà bị bắt làm nô tì; trừ có hai vị phò mã là Lê Văn Yên và Lê Văn Tề phải chịu án chém; riêng Tả Quân phu nhân Đỗ Thị Phận (hay Phấn ?) được miễn tội vì theo luật hoàng triều, vợ một người hoạn không xem là vợ thực thụ.Bà lánh vào một ngôi chùa ở Chợ Lớn, ít lâu sau thì cũng buồn rầu mà chết. Mộ phu nhân hiện ở ngay cạnh mộ Tả Quân.