Về tổ chức bộ máy nhà nước, Ánh cũng phỏng theo nhà Lê, tổ chức triều đình gồm có 6 bộ là: Lại, Công, Lễ, Hộ, Binh, Hình do Thượng thư (tương đương nhự bộ trưởng ngày nay) đứng đầu và tả hữu thị lang giúp việcđô sát viện do Tả, Hữu đô ngự sử đứng đầu với hoạt động can gián vua và đàn hặc các quan; ấn định quyền hạn các chức tước, lương bổng, văn võ theo các cấp bậc theo quan chế Triều Nguyễn. Ánh cũng cho thi hành chế độ tiền dưỡng liêm để phòng trừ tệ nạn tham nhũng trong hàng ngũ quan lại.
Về mặt hành chính, Ánh phân chia Việt Nam thành 2 tổng trấn: (Bắc Hà, Nam Hà), 2 vùng (miền Trung và Kinh kỳ). Gồm 23 trấn và 4 doanh, đây là một cách phân chia rất hay, thực tế và thông minh, nó giúp các vùng có quyền tự trị cao, ít bị ảnh hưởng bởi triều đình, thực tế, quyền hành do các Tổng trấn nắm.
BẮc Hà
Nội trấn 5: Hải Dương, Kinh Bắc, Sơn Nam thượng, Sơn Nam hạ, Sơn Tây
Ngoại trấn 6: Cao Bằng, Hưng Hóa, Lạng Sơn, Quảng Yên, Thái Nguyên, Tuyên Quang.
Miền Trung
Trấn độc lập 7: Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Bình Hòa, Bình Thuận.
Kinh Đô Phú Xuân
Doanh 4: Trực Lệ, Quảng Đức, Quảng Bình, Quảng Nam và Quảng Trị.
Nam HÀ
Trấn 5: Biên Hòa, Hà Tiên, Phiên An, Vĩnh Thanh, Vĩnh Tường
Hai vùng tổng trấn Bắc Hà và Nam Hà sẽ do hai quan Tổng trấn đứng đầu cùng với Phó tổng trấn, hai vị quan Tống trấn sẽ nắm toàn quyền về luật pháp, kinh tế lẫn quân sự. Về các Trấn thì có quan Lưu trấn (gồm Trấn thủ, Cai Bạ và Ký lục). Dưới Trấn là phủ, huyện, châu với các vị quan đứng đầu lần lượt là Tri Phủ, Tri Huyện, Tri Châu. Ngoài ra, Ánh còn là vị vua đã chính thức xác định chủ quyền của Việt Nam trên khu vực quần đảo Hoàng Sa khi ông chiếm đóng quần đảo này năm 1816.
Chính vì những chính sách rất mềm dẻo và trao quyền tự trị cao cho các vùng, nên người dân cảm thấy phù hợp và cho ta thấy tài năng của Ánh.