Ánh còn giết Nguyễn Văn Thành, người theo Nguyễn Ánh từ ngày đầu ông khởi binh chống Tây Sơn ở Quy Nhơn lập được nhiều công to đứng đầu công thần. Từng cướp cơm nuôi Ánh, bị oánh đến gãy gần hết răng.
Sau chiến tranh, Thành là người ổn định trấn Bắc Hà, sau lại về kinh làm tới chức Trung quân, tổng tài làm sách luật và quốc sử.
Năm 1820, Nguyễn Ánh qua đời. Trước khi chết, Ánh có hỏi ý kiến của 2 đại thần quan trọng là Lê Văn Duyệt và Nguyễn VĂn Thành. Cả Thành và Duyệt đều ủng hộ con trai của Nguyễn Phúc Cảnh là hoàng tôn Nguyễn Phúc Mỹ Đường, Ánh lại chọn Nguyễn Phúc ĐẢm tức Minh Mệnh sau này.
Duyệt nói thẳng với Ánh:
“ Nay các nước Tây Phương phát triển kỹ nghệ, buôn bán khắp nơi, làm Vua mới phải biết canh tân đất nước, Thái tử ( Đảm) chỉ biết phi Ngiêu Thuấn lại Hạ Thương Chu, bài bác người Tây Dương và Đạo Công giáo, chuyện mấy nghìn năm mà cứ áp cho đời nay, cơ nghiệp e không bền.”
Ánh tím mặt, bỏ đi.
Nguyễn văn Thành phản đối mạnh hơn, nói rằng:
“ Thái tử nhìn tư chất không lương (thiện) ham sát sanh, tướng đa dâm”
Ánh quát:
"Mi muốn dựng vua nhỏ để sau này dễ khống chế chăng?”
Nguyễn văn Thành là bị Lê văn Duyệt giết. Trong triều đình Nguyễn Ánh tồn tại 2 phe phe của Lê văn Duyệt và Lê Chất 1 phe và phe của Nguyễn văn Thành và Đặng Trần Thường 1 phe.
Đặng Trần Thường tham ô nhận tiền làm sắc giả phong thần cho Hoàng Ngũ Phúc người đem binh đánh Phú Xuân bức tử cơ nghiệp chúa NGuyễn làm
Thanh danh văn võ thánh thần Đại vương. Việc làm của Đặng Trần Thường, dù vô tình hay cố ý, cũng khiến toàn bộ triều thần đình nghị, xét đi xét lại nhiều lần. Vua Gia Long khi biết sự việc cũng vô cùng tức giận khi cho rằng: “Đăng trật cho bách thần là điển lễ lớn ở buổi đầu của Nhà nước. Bọn ngươi làm gian trá, dối người khinh thần, không tội nào lớn bằng. Vả cuộc biến loạn năm Giáp Ngọ, Hoàng Ngũ Phúc chính là thủ ác, nay lại cất lên mà cho là thần, thế chẳng phải bán tước sao? Việc ấy còn nỡ thì việc gì lại chẳng nỡ!”. tháng 9 năm Quý Dậu (1813), vua đã tha tội chết cho Đặng Thần Thường và Nguyễn Gia Cát, vì “vua xét danh sách thu thẩm, nghĩ thương bọn Đặng Trần Thường có công tha cho.
sau Lê Chất làm sớ tâu Đặng Trần Thường hồi còn làm tổng trấn Bắc thành đã vơ vét tham nhũng rất nhiều ăn chặn thuế má lúc khám nhà thu được 3 vạn quan tiền Đặng Trần Thường bị tống giam, trong ngục ông làm thơ chửi mắng ví mình là Hàn Tín bị triều đình phụ công. Sau bị kết tội chém. Chỉ có NGuyễn văn Thành xin tha vì nói Đặng Trần Thường từng có công xét theo lối bát nghị. Bị Gia Long phạt 3 con trâu.
vụ NGuyễn Văn Thành:
Sử chép rằng sau chuyện chọn người chủ tế lễ tang vào năm 1814, Nguyễn Văn Thành vẫn giữ ý định chọn hoàng tôn Đán, con trai hoàng tử Cảnh, tức cháu đích tôn của vua Gia Long, làm người kế vị vua Gia Long, và nhà vua vẫn giữ lấy quyết định của mình là chọn hoàng tử Đảm.
- Biết được sự bất như ý của cha, đầu năm 1816, con Nguyễn Văn Thành là Nguyễn Văn Thuyên sinh lòng bất mãn thay cha, khi tiếp môn khách là Nguyễn Trương Hiệu, đã nhờ Hiệu chuyển cho hai người khác một bài thơ mà hai câu cuối được qui là có ý bội nghịch:
“…Thử hồi nhược đắc sơn trung tể,
Tá ngã kinh luân chuyển hóa ky”
(Sơn tể phen này dù gặp gỡ,
Giúp nhau xoay đổi hội cơ này).
Hiệu đem sự tình báo với Thiêm sự bộ Hình Nguyễn Hựu Nghi, Nghi sai Hiệu đem thơ cáo với Tả quân Lê Văn Duyệt, Tổng trấn Gia Định thành vừa được gọi về triều. Lẽ đương nhiên là ông Duyệt phải dâng lên vua. Song vua Gia Long vẫn bình thản trước điều bất ngờ này, “…vua cho rằng sự trạng chưa được rõ rệt, hãy để đấy mà trả bài thơ ấy về.
Tháng 4 AL 1816, vụ án Nguyễn Văn Thuyên tiếp diễn, vua sai Lê Văn Duyệt tra hỏi, Thuyên nhận tội. Một số quan lại xin hạ ngục Nguyễn Văn Thành, song “vua nói:’Văn Thành vốn là kẻ có tội; nhưng thể thống đối với đại thần, cũng nên có cách xử trí’ Bèn sai thu ấn và khiến về ở nhà riêng.
Tháng 6 AL 1816, tiếp tục vụ án Nguyễn Văn Thuyên, đình thần đề nghị xử Nguyễn Văn Thành tội chết, vua Gia Long thấy chưa thỏa đáng, yêu cầu bàn lại.
* Tháng 10 AL 1816, một chuyện quan trọng xảy ra: một kẻ tên Hữu lấy trộm ấn Tả quân của Lê Văn Duyệt rồi khai là do Nguyễn Văn Thành sai biểu. Nếu muốn trừ khử Nguyễn Văn Thành một cách chính danh thì đây là cơ hội tốt nhất, song “Vua cho Hữu nói trước sau không đúng, lại không có căn cứ, không muốn xét kỹ sợ liên lụy cho người, bèn sai giết Hữu và bỏ việc ấy đi”
Đúng lúc đó, Diên Tự Công của họ Lê là Lê Duy Hoán mưu phản, việc bị phát giác, các quan ở Bắc Thành bàn định đưa giải Lê Duy Hoán vào kinh. Vua nhân đó sai các quan ở bộ Hình xét hỏi. Lê Duy Hoán nói rằng (Nguyễn Văn) Thuyên gởi thư giục nó làm phản. Bộ Hình dâng lời khẩu cung lên, triều đình xin bắt (cha con Nguyễn Văn Thành) để trị tội.
Năm (Gia Long) thứ mười sáu (tức năm 1817 - NKT), mùa hạ, Vua ra lệnh bắt (Nguyễn Văn) Thành và các con giam hết ở Quân xá Thị trung để đình thắn xét hỏi lại. (Nguyễn Văn) Thành được đưa đến Vũ Công Thự. Hỏi:
- Tính làm. phản à ? Đáp : - Không ! Hỏi : - Có dự biết việc đó không ? Đáp : - Không !
Đối đáp xong, (Nguyễn Văn Thành) đi ra, mặt giận hằm hằm, về đến Quân xá, ông nói với quan Thị trung Thống chế Hoàng Công Lý rằng, án xét đã xong, vua bắt bề tôi phải chết mà bề tôi không chết là bề tôi bất trung. Giờ lâu, ông đi nằm, lấy thuốc độc tự tử. Năm ấy, (Nguyễn Văn Thành) sáu mươi tuổi.
Quân lính của Thành lấy được bản trần tình của ông, Hoàng Công Lý dâng vua. Lời trần tình có câu rằng :
- Sớm rèn tối đúc, tạo cho cha con tôi tội cực ác, không thể tố cáo vào đâu được, cho nên chỉ biết chết mà thôi.
Vua cầm tờ trần tình mà thương khóc rồi dụ rằng : - (Nguyễn Văn) Thành theo trẫm từ lúc còn ít tuổi, từng chịu gian nan và lập được công to, nay bỗng chốc mà ra thế này, trẫm không hay biết trước để bảo toàn sứ mạng tức là đức của trẫm đã bạc rồi vậy.
Vua hỏi Phạm Đăng Hưng rằng : - Nên táng (Nguyễn Văn) Thành theo lễ nào ?
(Phạm Đăng) Hưng tâu : - Táng theo lễ thứ nhân.
Vua im lặng, sau, sai một viên Cai đội ở Trung quân đem ba mươi người lính đi lo việc tang, cấp cho 500 quan (ngang với tiền trả mũ áo khi về hưu), lại cho thêm ba tấm gấm Tống và vải lụa cộng là mười tấm. Các con (của Nguyễn Văn Thành) đang giam đều tha cho ra khỏi tù cả".