Tàu chiến Pháp và Tây Ban Nha trên sông Sài Gòn, 1866.
Tình hình Sài Gòn của Pháp thời điểm 1861 cũng rất căng, quân ít, bị quân khởi nghĩa quấy phá. Chỉ còn 2 đại đội lính Pháp và 1 đại đội lính Tây Ban Nha đóng,triều đình chỉ cho quân aloxo tấn công thì quân Pháp tan tành.
Nhưng Pháp cũng rất quỷ quyệt, bèn hỗ trợ cuộc nổi dậy của Tạ Văn Phụng, một người Công giáo, tự nhận là con cháu nhà Lê, phất cờ nổi dậy : Phò Lê Diệt Nguyễn. Đưa đất nước tiến theo phương Tây. Tạ Văn Phụng có một quyết định táo bạo, là tập hợp toàn bộ thủy quân kéo thẳng vào Huế đánh vào kinh thành khi quân Nguyễn kéo vào Nam đánh Pháp.
Phụng tập trung được hơn 300 chiến thuyền tinh nhuệ, vũ khí đầy đủ, ai mua sắm cho thì chưa biết. Nhà Nguyễn nghe tin kinh hoàng, cho mấy tướng ra đánh đều bị quân Phụng đánh tan và giết chết.
Triều đình Huế chỉ còn 2 sự lựa chọn, hoặc ra Bắc đánh Phụng để bảo vệ ngai vàng, hoặc đánh Pháp để giữ nước. Và họ đã chọn cách bảo vệ ngai vàng, bằng cách nhờ quân Trung Quốc, hy sinh lợi ích và nhường hẳn Bắc Kỳ cho Tàu muốn làm gì thì làm.
Tàu đồng ý ngay .
Giữa lúc quân Pháp không ngờ nhất, thì thiếu tá Simon đang công tác ở ngoài khơi Trung Kỳ trở về Sài Gòn báo tin là vua Tự Đức vừa đề nghị mở cuộc giảng hòa.
Tháng 4 năm Nhâm Tuất, đô đốc Bonard liền phái Simon mang chiến hạm Forbin có bố trí đại bác, ba chiếc thuyền gỗ cùng 200 lính đến cửa Thuận An để đưa ra ba yêu sách là:
1. Gửi sứ thần có thẩm quyền quyết định vào Gia Định
2. Bồi thường chiến phí và phải cọc trước 100.000 Franc để đảm bảo thiện chí cầu hòa.
3. Dừng mọi cuộc tấn công nhau để thương thuyết.
Triều đình Huế đồng ý. Pháp lấy tàu Forbin đưa sứ bộ rời Huế vào ngày 28 tháng 5 năm 1862, đến Sài Gòn vào ngày 3 tháng 6 năm 1862, qua ngày 5 tháng 6 năm 1862 [9 tháng 5 âm lịch năm Nhâm Tuất] thì hai bên ký bản hòa ước trên tàu chiến Duperré của Pháp đậu ở bến Sài Gòn.
Ký hòa ước xong, triều đình phái Phan Thanh Giản làm tổng đốc Vĩnh Long, Lâm Duy Hiệp làm tuần phủ Khánh Thuận, để giao thiệp với các quan nước Pháp ở Gia Định.
Tháng 2 năm Quý Hợi (1863), thiếu tướng Bonard và đại tá Palanca ra Huế gặp vua Tự Đức để công nhận sự giảng hòa của ba nước. Xong rồi thiếu tướng Bonard về Pháp nghỉ, Chuẩn đô đốc La Grandière sang thay.
Pháp hỏi Tây Ban Nha có lấy đất không? Lấy thì ra Bắc mà oánh, hay oánh lấy 3 tỉnh miền Tây, Tây Ban Nha bảo bọn tao đất Nam Mỹ vô biên, lấy làm gì, nhường quyền lấy đất làm thuộc địa cho nước Pháp, chỉ nhận tiền bồi thường và quyền được cho giáo sĩ đi giảng đạo mà thôi.
Lúc này, Pháp đã lấy được 3 tỉnh miền Đông Nam Kỳ, sau khi triều đình Huế phải ký hiệp ước Nhâm Tuất [1862].
Hiệp ước được ký ngày 5 tháng 6 năm 1862 tại Sài Gòn giữa đại diện triều Nguyễn là chánh sứ Phan Thanh Giản và phó sứ Lâm Duy Hiệp với đại diện của Pháp là thiếu tướng Bonard và đại diện của Tây Ban Nha là đại tá Don Carlos.
Hiệp ước Nhâm Tuất gồm 12 điều, hai nội dung quan trọng và nặng nề nhất là triều đình Huế phải nhượng cho Pháp ba tỉnh miền Đông Nam kỳ và Côn Đảo với tất cả chủ quyền (điều 3), và bồi thường chiến phí với số tiền lên đến 4 triệu franc Pháp [tương đương 2.880.000 lạng bạc] trong vòng 10 năm (điều 8).
Vua Tự Đức tiếc lắm, muốn chuộc lại đất đai bằng được, lên phái cụ Phan Thanh Giản đi sang Pháp chuộc đất.
Nhưng tiền đâu?
Ngân khố hoàng gia kiệt quệ khiến Tự Đức gặp khó khăn trong việc thanh toán việc bồi thường chiến phí đã quy định trong Hiệp ước 1862, nhà vua phải dùng mọi biện pháp xoay xở tài chính. Năm 1861, nhà vua cho phép các phạm nhân được trả tiền mặt để chuộc lấy tự do.
Năm 1864, nhà vua lại cho phép bỏ tiền ra mua chức tước và phẩm hàm: 1.000 quan chức cửu phẩm, 10.000 quan cho chức lục phẩm [ tỷ giá 1 quan lúc đó tương đương 1 francs].
Năm 1864-1865, nhà vua sai các quan lại đi tìm và khai thác mỏ khoáng sản.
Năm 1865, nhà vua ra lệnh cho Thượng thư Bộ Lại và Bộ Lễ thu hồi vàng bạc ở các đồ thờ trong cung điện: 72.000 lượng bạc góp được qua việc thu hồi này, trị giá 100.000 đồng (450.000 francs) vẫn chưa đủ để trả nợ. Tự Đức phái Trương Văn Uyển vào Nam kỳ, nhằm thu góp tất cả các bạc vàng, các ngân khố ba tỉnh miền Tây: Vĩnh Long, An Giang, Hà Tiên được 720 lượng vàng, 2.200 lượng bạc và 10.000 đồng. Cũng chưa thấm vào đâu.
Năm 1869, nhà vua thiết lập khoản “thuế người Minh hương”. Nhà vua cho người Tàu đóng 302.000 quan để làm đại lý thuốc phiện ở các tỉnh phía Bắc Quảng Bình, trong khi dưới các triều vua trước có lệnh cấm tuyệt đối không được mang thuốc phiện vào Việt Nam, ai vi phạm lệnh cấm sẽ bị tử hình.
Với số tiền thu nhập bằng cách đó, Tự Đức chẳng làm gì để khôi phục nền kinh tế nước nhà cả, nhà vua không đưa hết cho quân Pháp - Tây Ban Nha mà giữ lại một phần lớn để xây lăng Vạn Niên; điều đó càng làm tăng nổi bất bình của quần chúng và đưa đến hậu quả là những cuộc nổi loạn ngay trong cung điện nhà vua do Đoàn Hữu Trưng và Hồng Tập cầm đầu.
Chờ mãi chả thấy tiền đâu, vì trong lúc cụ Phan Thanh Giản sang Pháp, Pháp cũng đặt vấn đề là trả lại 3 tỉnh, nhưng cả 6 tỉnh Nam Kỳ phải đặt dưới sự bảo hộ của Pháp. Cụ Phan Thanh Giản đồng ý. Hoàng đế Pháp cũng đồng ý thay thế Hoà ước 1862 bằng một hoà ước mới và cử Aubaret, Lãnh sự Pháp ở Bangkok đến Huế để đàm phán vào giữa năm 1864.
Dự thảo Hòa ước Aubaret đã được ký kết giữa Aubaret và Phan Thanh Giản. Theo bản dự thảo này, Pháp trả lại cho Đại Nam 3 tỉnh đã cắt nhượng trước đó là Biên Hoà, Gia Định và Định Tường, bù lại, Nhà Nguyễn để Pháp bảo hộ 6 tỉnh Nam Kỳ, bồi thường chiến phí 80 triệu franc... Nhưng Pháp- Tây Ban Nha chờ mãi mà tiền không nhận được nên sau khi dự thảo của hoà ước được ký 5 ngày thì Aubaret nhận được thư từ Paris, yêu cầu ông huỷ bản hoà ước mới ký.
