Ngày 12 tháng 6 năm 1786.
Tin quân Tây Sơn do Chỉnh dẫn ra bay về phủ chúa, Khải bối rối chả biết làm gì, triều thần cũng chả có kế sách gì.
Quân Tây Sơn oánh đến Nghệ An.
Khải phái tướng Trịnh Tự Quyền đem 5000 quân tới Nghệ An chống cự, Quyền sợ xanh hết mặt mũi, biết mình không phải là đối thủ của Chỉnh, bèn chần chừ không đi, đến khi đi thì Nghệ An mất rồi, bèn đến đóng ở Kim Động, Khải phái thêm Đỗ Thế Dận đem 2000 quân đóng ở sông Phú Sa.
Đinh Tích Nhưỡng chỉ huy quân thủy đến giữ ở cửa Luộc.
Sáng ngày 16 tháng 6 năm 1786.
Quân Tây Sơn do Chỉnh dẫn đầu tiến lên oánh quân Trịnh, mới được khoảng 1 giờ giao chiến, quân Trịnh chết như rạ, Chỉnh chém chết Trịnh Tự QUyền tại trận. Quân Trịnh thua thảm, tranh nhau bỏ chạy.
Ngày 19 tháng 6 năm 1786.
Tin thất trận báo về kinh, từ quan đến dân hồn xiêu phách lạc, kinh thành nhốn nháo hỗn loạn...các quan bên cung vua Lê, Phủ chúa Trịnh bỏ chạy gần hết. Trịnh Khải là chúa mà vẫn phải " tự bê và dọn cơm mà ăn" thật bi hài hết chỗ nói.
Ngày 19 tháng 7 năm 1786.
Nguyễn Lệ đem 1000 quân từ Sơn Tây về kinh, khuyên Trịnh Tông đưa nhà vua Hiển Tông lên Sơn Tây để tính việc đối phó. Bọn kiêu binh chặn đường Lệ, bảo Nguyễn Lệ dắt giặc vào kinh thành, chúng giết gần hết đám quân Lệ mới mộ được, có lẽ Lệ mộ được toàn nông dân và trẻ con mới đăng lính, đến nối " giáo cầm chẳng nổi, súng không biết mồi" nên mới thấy kiêu binh hét to đã bỏ chạy.
Lệ thua thảm, bỏ chạy lên Sơn Tây.
Trịnh Khải bắt Bùi Huy Bích ra ngoài đốc chiến. Trần Công Xán bảo Khải giữ kinh đô; chỉ đưa Thái phi và sáu cung ra ngoài. Khải triệu Hoàng Phùng Cơ về kinh, cho tiền bảo đi mộ lính. Cơ mộ được hơn 2000 quân, đóng ở hồ Vạn Xuân, bí quá, Khải sai người sang chỗ vua Lê Hiển Tông gom thêm được 400 lính chèo thuyền hoặc chuyên chăm cá của vua gom làm lính thủy
Khải cũng đích thân đem 1000 quân trong thành bày trận ở bến Tây Luông.
Ngày 20 tháng 7 năm 1786.
Lần này Nguyễn Huệ đích thân cầm quân oánh nhau với Trịnh Khải.
Nguyễn Huệ cho quân thủy xuất trận, giáp chiến với quân Trịnh ở sông Hồng, có lẽ gần khu cầu Nhật Tân bây giờ. Quân Tây Sơn nã pháo, thuyền quân Trịnh tan tành, lính chết trôi đầy sông. Quân Huệ chém chết 2 tướng chỉ huy thủy quân Trịnh là Nguyễn Trọng Yên và Ngô Cảnh Hoàn ngay trên thuyền.
Quân Tây Sơn trên bộ do Chỉnh chỉ huy đánh tan đội quân của Hoàng Phùng Cơ.
NGuyễn Huệ và Chỉnh hội quân.
Quân Tây Sơn tiến đến Tây Luông, Khải truyền đem áo trận màu đỏ để tao mặc cho ra vẻ sẵn sàng chết, Khải ngồi trên bành voi, cầm cờ lệnh chỉ huy, quân Trịnh, toàn lính mới tuyển, nhìn nhau, không ai chịu tiến lên.
Tây Sơn tung quân ra chém giết, quân Trịnh bị giết gần hết. Khải may mắn thoát chết, hoặc cũng có thể Huệ, CHỉnh chưa muốn giết, quay voi trở về thành.
Khải chạy đến cửa Tuyên Võ, trông thấy ngoài phủ đã cắm hàng loạt cờ quân địch, bèn dẫn hơn trăm tượng binh, hướng theo đường Sơn Tây chạy trốn.
Lúc ấy, phủ chúa nhốn nháo, thôi thì mạnh ai nấy chạy.
Bọn kiêu binh, vốn đã chả dám oánh Tây Sơn, nhưng rất ác với Triều đình, phủ CHúa và dân lành, thấy TÂy Sơn đến, chúng bỏ chạy đầu tiên.