Tàu Catinat rời Bangkok vào ngày 12 tháng 8 năm 1856 và đến trước Đà Nẵng vào ngày 16 tháng 9. De Montigny vẫn ở Bangkok đàm phán một hiệp ước thương mại với Xiêm.Ngày 19 tháng 9, Le Lieur vào sông Hương và thả neo. Ông nhờ giáo sĩ Fontaine chuyển những lá thư từ De Montigny cho triều đình Huế. Ban đầu, triều đình từ chối không nhận, vì Thiệu Trị đã quy định việc nhận thư từ một người châu Âu là một điều vi phạm cho bất kỳ viên quan nào. Fontaine buộc phải để chúng trên bãi biển qua đêm. Ngày hôm sau, khi được chuyển đến Huế, triều đình cũng không thèm xem các bức thư và đem trả lại. Điều này được Le Lieur coi là "sự xúc phạm đối với đại diện của Hoàng đế nước Pháp" và là nguyên nhân dẫn đến cuộc xung đột ngắn.
Vào ngày 26 tháng 9, Le Lieur bắn phá các pháo đài của Đại Nam. Không giống như năm 1847, quân Pháp đưa một biệt đội lên bờ, bắt khoảng 40 tù nhân, ném một lượng bột thuốc súng đen xuống biển, phá hủy khoảng 60 khẩu súng và đốt cháy các kho súng đạn. Nhiều công trình trong số này đã được hoàn thành sau trận pháo kích năm 1847. Ngày hôm sau, một số quan lại lên tàu Catinat và đề nghị thực hiện một hiệp ước hòa bình với các điều khoản của Pháp, nhưng Le Lieur đã bảo phải chờ sự xuất hiện của De Montigny. Vào ngày 24 tháng 10, một con tàu khác, La Capricieuse, đến từ Bangkok. Catinat sau đó được triệu hồi về Ma Cao vì cuộc chiến tranh với Trung Quốc đang diễn ra. De Montorter chỉ lên tàu Marceau vào ngày 23 tháng 1, nhưng bị từ chối tiếp kiến, do triều đình Huế thấy tàu chiến đã đi mất nên không sợ nữa, Tự Đức đã giải thích sự ra đi của Catinat là một chiến thắng cho chính mình, sau 2 sự kiện này, nhà Nguyễn cho rằng quân Pháp sợ uy mình, nên cho đàn áp người Công giáo gấp bội]
Khi những người theo đạo Cơ đốc yên tâm rằng việc chúng ta sắp đặt trong nước là dứt khoát, họ sẽ không còn sợ hãi về việc tự thỏa hiệp và có lẽ sẽ có thể giúp đỡ chúng ta. [Đoạn này tác giả viết vòng vo, nhưng ý nói là việc quân Pháp sẽ chiếm đóng Việt Nam lâu dài là điều cần thiết].
Có thể như vậy, người ta vẫn phải tự hỏi liệu các quan lại An Nam không biết về việc đi và đến của các phái viên của Giám mục Pellerin và nếu họ không cố ý tung tin đồn thất thiệt. Một thực tế không thể phủ nhận là những tin tức liên tục cảnh báo ở Đà Nẵng sắp có tấn công của quân triều đình là không có cơ sở.