Thuyết tiến hóa hiện đại có cái tên mỹ miều, nhưng bản chất vẫn là một thứ thuyết chắp vá, bẹo chỗ này một chút, cắn chỗ kia một chút, bú fame các học thuyết khác mà tạo thành.
Lịch sử của thuyết tiến hoá thì thăng trầm, từ việc Darwin công bố tạo thành một làn sóng, cho đến thời kỳ tăm tối và bị chối bỏ. Cho tới khi tự/ bị đẽo gọt cho vừa các bằng chứng mới thì mới được chấp nhận trở lại.
Ví dụ khi Menden cho ra đời lý thuyết di truyền, thì các bằng chứng của lý thuyết này không giống như Darwin mô tả, thì người ta đã "cải biên" hay "viết lại" học thuyết tiến hoá này để "cho nó phù hợp" với các bằng chứng mới trong học thuyết di truyền của Menden
)
Cái chữ "tổng hợp" ở đây bản chất là như thế, bởi với cứ mỗi bằng chứng mới được đưa ra mà rõ ràng chống lại học thuyết tiến hoá cũ, thì thuyết này lại được đem ra đẽo gọt lại cho vừa giày.
Cho nên tận sâu cốt lõi, nền tảng của thuyết tiến hóa không dựa trên "bằng chứng của sự thật hiển nhiên và duy nhất", mà là một chấp niệm được đẽo gọt qua nhiều đời.
Dưới đây là danh sách một số phần trong thuyết tiến hoá Darwin đã được "cải biên" và đẽo gọt lại cho phù hợp với các học thuyết có bằng chứng thực nghiệm khác:
1. Thuyết di truyền: Trong thời gian của Darwin, ông không biết đến các quy luật di truyền được phát hiện bởi Gregor Mendel. Vì vậy, Darwin đã không có giải thích đầy đủ về cơ chế di truyền của các đặc tính. Người ta đã chỉnh sửa và kết hợp các quy luật di truyền của Mendel vào lý thuyết tiến hóa hiện đại để giải thích cơ chế di truyền.
2. Cơ chế tiến hóa: Darwin giải thích tiến hóa bằng cách cho rằng tự nhiên lựa chọn các cá thể có sự thích nghi tốt nhất với môi trường. Tuy nhiên, cách giải thích này là sai, không chính xác và phải đẽo gọt lại khi các lý thuyết khác bao gồm cơ chế tiến hóa bằng đột biến (mutation) và dịch chuyển gen (gene flow) ra đời.
3. Trật tự tiến hóa: Darwin giải thích rằng tiến hóa là một quá trình liên tục và không có đỉnh cao (một loài hoàn hảo). Tuy nhiên, các bằng chứng về sự đa dạng của các loài đã cho thấy rằng tiến hóa có thể có các đỉnh cao, nơi các loài đã phát triển đến mức cao nhất của mình và không tiếp tục phát triển thêm.
4. Bản chất của địa vị loài: Darwin cho rằng các loài là độc lập và không tương tác với nhau. Tuy nhiên, các nghiên cứu sau này đã chỉ ra rằng các loài có thể tương tác và ảnh hưởng lẫn nhau, và địa vị loài có thể bị ảnh hưởng bởi các yếu tố môi trường và tương tác giữa các loài.
Có thể nhận thấy hầu như tất cả các phần quan trọng nhất của thuyết tiến hóa đều đã bị đẽo gọt lại cho vừa chân mỗi khi có bằng chứng xác thực chống lại nó.
Cho nên thuyết tiến hoá không bao giờ có được cái địa vị để cho mình là cái bằng chứng của sự thật hiển nhiên và duy nhất.