Trước nay, vẫn có nhiều người cho là cụ Phan Thanh Giản có lỗi trong việc để mất 6 tỉnh Nam-kỳ, và dân chúng, được cho là cụ Trương Định có câu:
"Phan Lâm mãi quốc, triều đình khi (thí) dân", ( Phan, Lâm bán -nước, triều-đình bỏ dân)
Tuy nhiên đọc lại các tài liệu về cụ Trương Định, cụ Nguyễn Thông, không thấy có nói về câu này, có lẽ là do nhân-dân khi bực-tức về chuyện này mà tự đặt ra, chứ nhân -cách của 2 cụ Trương, Nguyễn đâu có phải như vậy.
Việc thương- nghị với phía Pháp, vua Tự Đức có cho ông tùy- nghi tình- thế mà định- đoạt nhưng về việc cắt -đất, nhà vua có căn dặn Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp ráng -sức chuộc lại ba tỉnh với giá 1.300.000 lạng vàng, còn nếu phía Pháp đòi cắt đất luôn thì kiên -quyết không- nghe, nhưng cụ Phan Thanh Giản đã phải cắt đất lại còn bồi- thường chiến- phí.
Sau đó vua cách- chức cụ Phan, làm Tổng đốc Vĩnh Long.
Năm 1865, cụ được phục -chức Hiệp biện -đại học- sĩ, Hộ bộ thượng thư, sung Kinh lược sứ ba tỉnh miền Tây (Vĩnh Long, An Giang, Hà Tiên) và được tha tội.
Ngày 20 tháng 6 năm 1867.
Liên quân, lần này chủ yếu là Pháp, vì TBN không tham gia trận này, bội ước, đem 3000 quân và 14 pháo hạm đánh chiếm Vĩnh Long ((vốn đã được trao trả triều đình ngày 25 tháng 5 năm 1863). Thấy Pháp bội ước quá, TBN rất- bực và không tham -gia trận này.
Trước đó, ngày 18 tháng 6 năm 1867, Pháp đem 1.200 lính cùng với 400 lính tập người Việt tập họp ở Mỹ Tho. Ngày 19, từ Sài Gòn, De la Grandière chỉ huy một đội tàu gồm 16 chiếc cũng tới Mỹ Tho, và rồi cho hành- quân ngay trong đêm. Sáng ngày 20, đoàn quân thủy bộ của Pháp đã tới trước thành Vĩnh Long. La Grandière cho quân đổ bộ, và đưa thư đòi cụ Phan Thanh Giản giao nộp thành không điều kiện.
Biết quân Pháp đông, vũ khí hiện đại, lần này lại có cả quân lính người Việt, cụ Phan hiểu chống cụ cũng vô-ích, quân ta thua là cái chắc, máu sẽ đổ, nên cụ đồng ý giao thành.