Sau khi Nguyễn Huệ đánh bại Mạc Thiên Tứ, chúa Nguyễn Phúc Thuần sai Đỗ Thanh Nhân lẻn ra Bình Thuận cầu cứu Chu Văn Tiếp, Trần Văn Thức, 2 tướng tài khác, có khoảng 7000 quân.
Nguyễn Nhạc, nhân lúc Nguyễn Huệ thắng trận ở Gia Định cũng cử binh đánh Phú Yên, Bình Thuận.
Nguyễn Huệ dẫn cánh quân Tây Sơn ở Biên Hoà gồm 2000 quân chặn đánh giết chết Trần Văn Thức tại chỗ. Nghe tin Chu Văn Tiếp bỏ chạy. Nguyễn Nhạc ung dung chiếm lại Phú Yên đến Bình Thuận.
Ngày 24 tháng 9 năm 1777.
Nguyễn Huệ mang 4000 quân bao vây tấn công Ba Việt, bắt sống Nguyễn Phúc Dương và toàn bộ quân tướng. Dương và 18 tướng tuỳ tùng bị đưa về Gia Định chém đầu, số quân Việt đa số đầu hàng theo Tây Sơn, khoảng 600 lính TQ, bao gồm cả các thương nhân, đều bị chém chết.
Ngày 27 tháng 9 năm 1777.
Nguyễn Huệ tấn công quân Nguyễn Phúc Thuần, khoảng từ 6 giờ đến trưa, quân Nguyễn thua to.
Đến chiều, Nguyễn Phúc Thuần bại trận, đem toàn bộ gia quyến các chúa Nguyễn, khoảng 270 người già trẻ lớn bé, bỏ Cần Thơ sang Long Xuyên, định chờ Mạc Thiên Tứ lấy tàu để chạy sang Trung Quốc cầu viện nhà Thanh nhưng bị quân Tây Sơn đuổi đến nơi, bắt được Thuần và toàn bộ gia quyến họ Nguyễn.
Tháng 10 năm 1777.
Tây Sơn đem giết hết toàn bộ gia tộc chúa Nguyễn, khoảng 277 người đến 280 người, trong đó có nhiều trẻ em, phụ nữ, người già về Gia Định, không rõ Nguyễn Huệ hay Nguyễn Nhạc ra lệnh, Tây Sơn đã hành hình toàn bộ gia tộc Nguyễn này.
Trong số 277 người gia tộc chúa Nguyễn, chỉ còn Nguyễn Phúc Ánh ( Nguyễn Ánh) và 1 người nữa may mắn thoát chết và bỏ trốn được, năm đó Nguyễn Ánh khoảng 15 tuổi.