Thực ra chúa Trịnh và đông ấn Hà Lan VOC cũng đã tính liên minh úp Đàng Trong rồi. Chúa Trịnh còn hứa nhượng địa Quảng Nam cho VOC.
1641-1643 (14 năm sau khi xảy ra trận chiến Trịnh Nguyễn đầu tiên) VOC đã tấn công một số địa điểm Đàng Trong nhưng phối hợp với chúa Trịnh không nhịp nhàng nên bị Đàng Trong úp sọt. Phải nói các chúa Nguyễn rất gấu, đánh thắng cả đông ấn Hà Lan.
Thư chúa Trịnh gửi VOC: Một số người hung bạo (tức họ Nguyễn) đã thiết lập 1 chính quyền tách biệt tại biên giới phía Nam của Bản quốc. Chúng dựa vào vị trí phòng thủ vững chắc của chúng để chống lại triều đình [của nhà Lê tại Thăng Long]. Bản quốc chưa làm gì chúng vì e ngại rằng có một cái gì đó không đoán trước được có thể xảy ra trên biển. Vì quý Quốc vương có thiện chí với Bản quốc. Quý Quốc vương có thể cho Bản Quốc 2 hoặc 3 tàu, hoặc 200 lính bắn giỏi được không, như 1 bằng chứng về sự tốt bụng của quý Quốc vương. Những người lính đó có thể giúp bản Quốc bắn đại bác. Ngoài ra, xin hãy gửi cho Bản quốc 50 thuyền chiến với binh lính chọn lọc và đại bác có sức công phá mạnh, và Bản quốc sẽ gởi một số binh lính đáng tin cậy để dẫn các thuyền chiến của quý Quốc vương đến Quảng Nam làm tăng quân viện. Cùng lúc, Bản quốc sẽ tấn công Thuận Hóa. Sau khi chiến thắng, Bản quốc sẽ tặng cho binh lính quý quốc 2 đến 3 vạn lạng bạc. Còn về phần quý Quốc Vương, bản Quốc sẽ trao cho quý Quốc vương xứ Quảng Nam để trị vì. Quý Quốc vương có thể chọn binh lính để xây dựng và bảo vệ nó. Bản quốc sẽ ra lệnh cho dân tại đó nộp cống cho quý Quốc vương. Quý Quốc vương sẽ lựa chọn những sản vật của vùng và cho Bản quốc 1 phần để 2 bên cùng có lợi. Trời sẽ trừng phạt Bản quốc nếu những đều trên là không thật
Ghi chép của cụ Alexndre de Rhodes về trận Hà Lan - Đàng Trong:
Chúa Đàng Ngoài tấn công chúa Đàng Trong, như tôi sẽ nói sau, ba lần đem quân đi đánh nhưng đều thất bại. Chúa liền cầu cứu với thương gia người Hoà Lan chiếm đóng bến tàu Java Cả, gọi là Jaquetra hay Tân Hoà Lan. Chúa phái người đem lễ vật tới xin cung cấp cho mấy chiếc tàu tròn của họ, để nhờ đó chúa quyết định phá huỷ hạm đội người Đàng Trong. Người Hoà Lan nhận lời ngay vì biết là để tấn công chúa Đàng Trong đã công khai từ mấy năm nay tự xưng thù địch với nước mình.
Họ liền phái tới chúa Đàng Ngoài ba chiếc tàu tròn trang bị đầy đủ và có mấy khẩu súng. Đoàn tàu vô ý tới gần một hải cảng Đàng Trong vì bị gió đánh dạt, đúng lúc tình cờ chúa đang có mặt với mấy thuyền chiến. Chúa nhận thấy đây là viện trợ người Hoà Lan gởi chúa Đàng Ngoài để gây chiến. Cơn giận nổi lên (như thể chúng dám táo bạo thách thức ở biên giới), chúa liền bàn xem có nên cho thuyền đuổi theo. Chúa hỏi ý kiến một người Hoà Lan mấy năm nay sống sót sau cơn bão biển và ở lại phục vụ chúa lo việc binh đao. Tên lính này kiêu căng và khinh thị đáp rằng đoàn tàu này chỉ sợ có thế lực và thịnh nộ võ khí của ông Trời. Tức giận vì thái độ hỗn xược, chúa không thèm đáp, nhưng ra lệnh cho các thuyền trưởng lập tức cho nhổ neo rời bến và tấn công đoàn tàu Hoà Lan trông rõ ngoài khơi. Nhờ lúc này biển lặng, chỉ có gió nhẹ thổi, nên việc tấn công mang lại kết quả: chỉ có chiếc tàu nhỏ hơn cả của người Hoà Lan nhờ gió nhẹ thổi mà chạy thoát, còn chiếc kia muốn chạy trốn đoàn thuyền rượt theo, mất hướng đụng phải cồn vỡ tan và chìm dưới làn sóng. Chiếc thứ ba lớn hơn hết dĩ nhiên nặng nề hơn cả, gió không đẩy nổi, liền bị bốn thuyền chiến bao vây và chiếm giữ, sau khi hết sức chống cự và bắn vô hiệu vào đoàn thuyền chiến rất thấp đã tới sát nách. Tay lái và cột buồm bị phá. Trong cơn nguy khốn cùng cực, thuyền trưởng và lính Hoà Lan mất hết hy vọng cứu thoát giữa biển khơi, liền châm lửa vào kho thuốc súng đốt chiếc tàu cùng thủy thủ, tất cả chừng hai trăm, trừ bảy người tránh ngọn lửa nhảy xuống biển trôi theo làn sóng, được thuyền chiến Đàng Trong vớt và đem đi trình chúa ở trên bến đang đợi đoàn tàu chiến thắng trở về.
Chúa thấy bảy người Hoà Lan thoát hoả tai và đắm tàu chiến quỳ phục dưới chân, liền quay về phía người Hoà Lan xấc xược đã khoe tàu nước họ vô địch và chế giễu hắn: "Này ngươi, hãy hỏi xem lính nước ngươi ở đâu mà đến?"
Xấu hổ, hắn lý nhí trong miệng và run sợ thưa: "Chúng thoát nạn do tàu chiến của Chúa đánh bại tàu người Hoà Lan."
Chúa tiếp: "Thế thì chẳng phải đợi thế lực võ trang của Trời để thắng, vì đoàn thuyền chiến của ta đủ để phá vỡ".
Rồi Chúa truyền cho binh sĩ của Chúa:
"Bớ ba quân, bây giờ hãy chặt đầu tên kiêu căng và gỡ cho thế giới thoát khỏi loài sâu bọ không đáng sống này".
Tức thì lệnh được thi hành. Chúa còn cho cắt đầu mũi không những của tám tên lính sẽ đem đi chém đầu mà còn của tất cả những tên khác bị cháy hay đắm tàu, bỏ vào một thúng gửi ra biếu chúa Đàng Ngoài kèm theo vài lời chua chát, đắng cay tương tự như: xin nhận một phần đạo binh chúa đã chuẩn bị để tấn công và xin lần sau chuẩn bị một viện binh khá hơn. Việc này làm cho chúa Đàng Ngoài rất xúc động đến nỗi chúa chẳng còn muốn đón tiếp chiếc tàu thứ nhất của người Hoà Lan chạy trốn theo chiều gió, chúa cũng chẳng thèm cung cấp lương thực cần để sống, chiếc tàu này đành phải về tới Trung Quốc tìm lương thực, xa chừng sáu trăm dặm.