Sau khi đã đè bẹp được những lực lượng chủ yếu nhất của Nam triều (1592), uy danh của chúa Trịnh Tùng trở nên lừng lẫy, vua Lê Thế Tông trẻ tuổi và lắm bệnh tật nên bị coi thường, thi thoảng, Trịnh Tùng chỉ hỏi qua đôi việc cho có lệ mà thôi. Năm 1599, vua Lê Thế Tông lâm bệnh nặng và mất ngày 24-8, thọ 32 tuổi. Bốn tháng trước khi vua Lê Thế Tông mất, Trịnh Tùng tìm đủ mọi cách để thúc ép nhà vua phong tước vương cho mình và ngay sau khi được phong, Trịnh Tùng đã tự ý lập phủ đệ riêng. Thực trạng cung vua phủ chúa bắt đầu có kể từ đó. Sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục đã ghi chép sự kiện này như sau: Bởi có quyền uy ngày một cao, Trịnh Tùng muốn được phong danh vị tước Vương, bèn sai người vào xin với nhà vua. Vua bất đắc dĩ mà phải chuẩn y cho, sai quan Thái tể là Hoàng Đình Ái đem sách thư đến, phong Tùng làm Bình An vương, lại ban thêm cả Ngọc Toản (tức cái chén của vua dùng để rót rượu tế); Mao Tiết (lá cờ nhà vua dùng khi có việc phải xuất hành, ở đầu cán có ngù và được kết bằng lông chim quý); Hoàng Việt (búa vàng, vật nhà vua dùng khi đi đánh giặc).
Từ đó, Trịnh Tùng được mở phủ chúa và lập bộ máy quan lại riêng. Và cũng từ đây, chính sự trong nước do chúa Trịnh Tùng quyết định, của cải, thuế khóa và quân lính... hết thảy đều dồn vào phủ chúa. Phần vua Lê chỉ có một ngàn xã làm bổng lộc, gọi là thượng tiến, quân lính túc trực và hộ vệ trong nội điện chỉ có 5.000 người, 7 thớt voi và 20 chiếc thuyền rồng. Nhà vua chỉ còn mặc áo long bào, cầm hốt ngọc để nhận lễ triều yết mà thôi. Trịnh Tùng nhận sách phong xong thì vào triều lạy tạ vua Lê. Khi về phủ chúa, trăm quan đều lạy mừng, Trịnh Tùng mở đại yến tiệc và ban thưởng tiền, lụa cho quan lại, kẻ nhiều, người ít khác nhau. Họ Trịnh đời đời được phong tước Vương và được lập thế tử là bắt đầu từ Trịnh Tùng.
Nhà Lê lúc bấy giờ cũng chẳng khác gì nhà Chu (ở Trung Quốc thời cổ đại), chỉ ngồi giữ ngôi chứ chẳng có quyền lực gì. Khi ấy, bề tôi đầy cả một triều đình, vậy mà không hiểu tại sao lại để sự tệ hại chất chứa đến như thế. Và sau khi Trịnh Tùng làm việc bạo ngược là giết vua (ý nói Trịnh Tùng giết vua Lê Anh Tông), sách này chỉ chép là Tùng, tất cả quan tước của ông ta đều bị tước bỏ. Đến khi Trịnh Tùng cả gan xưng Vương thì sách này không còn lời chê trách nào nặng nề hơn được nữa, bèn tước bỏ cả họ Trịnh của ông ta mà chỉ chép cái tên là Tùng mà thôi.