Ngày 5-6-1967 nổ ra cuộc "Chiến tranh sáu ngày" giữa khối Ả Rập và Israel
Khi nổ ra chiến tranh, Hải quân Mỹ (đồng minh của Israel) tung chiếc tàu trinh sát điện tử USS Liberty vào cuộc
Một trong những nhiệm vụ của USS Liberty là thu thập và giải mã những cuộc điện đàm giữa các nhà lãnh đạo khối Ả Rập (đặc biệt Ai Cập, Syria, Jordan)
USS Liberty hoạt động ở khu vực nhạy cảm giữa Israel và Ai Cập
USS Liberty đã thực hiện nhiệm vụ của mình như đã định trước và vào hôm 8-6-1967 (ngày thứ tư của cuộc chiến tranh sáu ngày) một sự hiểu lầm quân sự bi thảm nhất giữa hai đồng minh đã diễn ra ở vùng Địa Trung Hải phía Đông ngoài khơi bờ biển Sinai.
Vào ngày thứ tư của cuộc chiến, hôm 8-6-1967 USS Liberty (GTR-5) bị máy bay và tàu chiến Israel tấn công một cách khó hiểu ngoài khơi bán đảo Sinai khiến 34 chết, 171 bị thương
Tướng Yitzhak Rabin thuộc lực lượng phòng vệ quốc gia Israel đã nói rõ rằng Israel sẽ thực hiện tất cả các hành động được cho là cần thiết để bảo vệ bờ biển. Tuy nhiên, một loạt các hành động sai lầm vào sáng sớm ngày 8-6-1967 đã dẫn đến một con tàu mang cờ hiệu của Hoa Kỳ bị coi là tàu không rõ ràng và thù địch.
Vấn đề càng trầm trọng hơn khi Israel được báo cáo về một tàu chiến của Ai Cập đang bắn phá bờ biển Israel nên lúc 2 giờ chiều theo giờ địa phương, Israel ra lệnh tấn công về phía tàu Mỹ mà họ tưởng rằng đó là tàu chiến Ai Cập
Hai máy bay phản lực Mirage của Israel đã nhào xuống chiếc tàu và khai hỏa khẩu pháo 30mm cũng như phóng tên lửa vào tàu USS liberty. Thủy thủ đoàn của tàu USS Liberty hoàn toàn bất ngờ khi cuộc tấn công xảy ra.
Thật không may cho USS Liberty, nó chỉ được trang bị súng máy 4 nòng .50 caliber(12,7 mm) không thể chống trả một cuộc tấn công như vậy.
Thuyền trưởng McGonagle bị thương trong đợt đầu tiên vào tay và chân, buồng chỉ huy bị phá hủy nhưng ông ta vẫn từ chối rời khỏi buồng chỉ huy để nhận chăm sóc y tế vì tàu vẫn đang bị tấn công.
McGonagle tiếp tục chỉ đạo kiểm soát thiệt hại, điều khiển tàu, và xác định bên nào đang nổ súng vào mình.
Thuyền trưởng McGonagle trong cabin của mình