Trở về nước tháng 7-1954, Ngô Đình Diệm trước mắt phải giải quyết những vấn đề liên quan tới hơn một triệu người miền Bắc di cư vào Nam. Về mặt chính quyền, ông phải đối mặt với những thế lực khống chế chính phủ của ông
1) Quân đội Quốc gia Việt Nam nằm dưới quyền Nguyễn Văn Hinh, một người hoàn toàn thân Pháp, không phục tùng Ngô Đình Diệm
2) Các giáo phái ở Nam Việt Nam: Cao Đài, Hoà Hảo có quân đội riêng, và Quân đội Bình Xuyên do Bảy Viễn chỉ huy, cả ba lực lượng này đều chống Ngô Đình Diệm
3) Tổng giám đốc Nha Cảnh sát do Đại tá Lại Văn Sang nắm. Lại Văn Sang là đệ tử của Bảy Viễn
4) Chuyện mua quan bán chức vẫn tiếp tục diễn ra, không ai khác chính Bảo Đại là người ngồi ở Pháp tiến hành. Lúc này Bảo Đại chỉ biết đến tiền và tiền, vô trách nhiệm với đất nước
Ngô Đình Diệm muốn lập lại trật tự, trước hết phải nắm được C.ông an và quân đội, và phải bứng Hinh khỏi chức vụ
Đầu tháng 9 năm 1954, T.hủ tướng Diệm ra quyết định cử Hinh sang Pháp công cán trong 6 tháng để nghiên cứu việc cải tổ và canh tân quân đội, một động thái được cho là đẩy Hinh ra khỏi vị trí Tổng tham mưu trưởng. Dựa vào quân đội, cùng với sự hỗ trợ của các Lực lượng Quân sự của các Giáo phái, tướng Hinh đã dự tính làm đảo chính vào ngày 20 tháng 9 để nắm lại chính quyền. Tuy nhiên, do sự can thiệp của người Mỹ và sự thờ ơ của người Pháp, tướng Hinh buộc phải từ bỏ ý định.
Ngày 29 tháng 11 năm 1954, Hinh nhận được lệnh của Quốc trưởng Bảo Đại, giao chức vụ Tổng tham mưu trưởng cho Thiếu tướng Nguyễn Văn Vỹ và sang Pháp để "trình diện Quốc trưởng".
Như thế, quân đội vẫn do người của Quốc trưởng nắm.