Thông tin vụ án còn một số điểm mờ:
1. Các nhân chứng tại xã Mễ Sở và camera cho thấy nghi phạm xuất hiện tại đây từ khoảng 5h - 6h. Khoảng 5h gặp bác Phó thôn thì đang chở cháu bé ra cánh đồng, khoảng 6h một mình ra chợ Mễ Sở mua quần áo để thay và ra bến đò bỏ xe bắt taxi đi tiếp. Như vậy kết luận pháp y cháu bé bị sát hại khoảng 5h10 là có cơ sở. Thông tin nghi phạm sau khi bắt cóc đã đưa cháu bé vòng vèo qua các huyện Văn Giang, Mỹ Hào, Yên Mỹ, Khoái Châu có vẻ chưa logic về mặt thời gian.
2. Nghi phạm có trình độ học vấn, đã mua 5 sim rác để gọi cho gia đình cháu bé. Như vậy là hành động có sự chuẩn bị chứ ko hề bột phát. Tin nhắn đầu tiên thông báo bắt cóc cho mẹ cháu bé để đòi 1.5 tỷ lúc 5h09' và sát hại cháu không lâu sau đó (thậm chí có thể trước khi nhắn tin) chứng tỏ nó hành động rất quyết liệt. Thông thường kẻ bắt cóc sẽ giữ con tin để nói chuyện với gia đình và gây áp lực, mục đích của nó là tiền chứ ko cần sát hại nạn nhân để khó thêm khó và tội thêm tội. Để một gia đình trẻ (ở chung cư V bên Đa Tốn có lẽ cũng ko giàu có lắm) xoay được 1.5 tỷ thời điểm sau 5h chiều thì ko thể nhanh được, trình độ cử nhân như nghi phạm chắc thừa hiểu điều đó. Như vậy động cơ nó sát hại cháu bé là gì? Nếu hoảng sợ vì cháu khóc tại sao không bỏ lại cháu ở đâu đó rồi một mình trốn đi?
3. Tin đồn do tk bị phong tỏa nên không thể rút tiền khiến nghi phạm bị kích động theo em ko đúng. Mẹ cháu bé biết cháu bị bắt cóc lúc 5h09, thông tin qua lại và anh rể đến báo công an huyện sớm nhất cũng 5h30, để cơ quan công an làm các thủ tục cần thiết với ngân hàng khóa tài khoản nghi phạm (giả sử tin đồn là đúng) cần khá nhiều thời gian, nhất là sau giờ hành chính. Thời điểm đó thì cháu bé đã bị sát hại. Như vậy có thể loại trừ tin đồn nghi phạm bị kích động do không rút được tiền.