Trường hợp Ukraine phức tạp hơn nhiều, trước khi MH17 bị bắn rơi, Ukraine đã đóng cửa không phận dưới 7,9km của tỉnh Donetsk vào ngày 5/6/2014, tiếp tục đóng cửa không phận dưới 9,8km vào ngày 14/7/2014. Lý do không đóng cửa ở mọi độ cao vì trước đó chưa có máy bay nào bị bắn rơi từ các độ cao này cùng đánh giá chủ quan của tân chính phủ non trẻ Ukraine là nhóm phỉ Donbass không sở hữu loại vũ khí phòng không đủ khả năng với tới. Chỉ có Nga sở hữu loại tên lửa đủ khả năng đạt độ cao trên 10km, nhưng Putin luôn phủ nhận mọi can thiệp quân sự vào tỉnh Donetsk và khẳng định Nga không chiến tranh với Ukraine, vì vậy Ukraine cũng chỉ là 1 nạn nhân của cuộc chiến tranh bí mật do Putin cầm đầu mà thôi
Mặc dù giữ im lặng về sự liên quan nhưng cho đến nay phỉ Donbass vẫn khẳng định họ không bắn rơi MH17, một gợi ý ngầm họ không trực tiếp nhấn nút bắn. Gần đây công dân Ukraine có tên Vladimir Tsemakh trở nên khá hot trên các mặt báo, Tsemakh chính là chỉ huy phòng không của phỉ Donbass tại thời điểm MH17 bị bắn rơi, chỉ vì nhóm làm phim tài liệu sơ xuất đăng hình ông ta trên Youtube mà ủy ban điều tra nghi ngờ Tsemakh đã che dấu nhóm lính tên lửa Nga và xe phóng Buk. Mặc dù chỉ huy phòng không, nhưng bản thân Tsemakh không có kiến thức và biết sử dụng tên lửa Buk, phù hợp với quan điểm của chính phủ Ukraine là phỉ Donbass không biết sử dụng và không sở hữu vũ khí phòng không đủ khả năng bắn rơi máy bay hành khách ở độ cao như MH17
Về phía Nga, cũng giống Ukraine trước thời điểm MH17 bị bắn rơi, đã đóng cửa không phận trên vùng lãnh thổ lân cận giáp ranh với tỉnh Donetsk đang có chiến sự của Ukraine, nhưng ở độ cao lớn hơn rất nhiều: 16km - đây cũng chính là độ cao giới hạn hiệu quả của tên lửa Buk, thực tế chẳng có máy bay hành khách nào có nhu cầu bay trên 16km nên lệnh cấm này tương đương cấm tất cả các máy bay hành khách. Ủy ban điều tra đã gửi yêu cầu đề nghị Nga cung cấp thêm các tài liệu liên quan để làm rõ lý do vì sao Nga đột ngột đóng cửa không phận ở độ cao lớn như vậy khi tất cả các sự cố trước đó ở độ cao thấp hơn nhiều lần, nhưng đến nay vẫn chưa nhận được giải thích rõ ràng ý nghĩa hành vi đó của Nga