Chỉ huy Lloyd M. Bucher, Hải quân Hoa Kỳ, Chỉ huy của USS PUEBLO, bị kết tội gồm:
- cho phép tàu của ông được tìm kiếm trong khu vực không có thẩm quyền
- không có những biện pháp bảo vệ tức khắc và tích cực khi tàu của ông bị các lực lượng Triều Tiên;
- tuân theo các mệnh lệnh của lực lượng Triều Tiên để đưa tàu vào cảng
- sơ suất không hoàn thành việc tiêu hủy tài liệu mật trên tàu USS PUEBLO và để cho các tài liệu đó rơi vào tay của Bắc Triều Tiên;
- sơ suất không đảm bảo, trước khi khởi hành ra biển, rằng các sĩ quan và thủy thủ đoàn của ông đã được tổ chức, đóng quân và huấn luyện đúng cách để chuẩn bị cho việc tiêu huỷ tài liệu mật.
Trung úy Stephen R. Harris, Bộ Tư lệnh Hải quân Hoa Kỳ, Cán bộ phụ trách Đội nghiên cứu trên tàu USS PUEBLO, đã bị kết tội :
- lơ là trong việc thực hiện nhiệm vụ của mình, vì ông đã không thông báo cho Cán bộ Tư lệnh của PUEBLO về sự thiếu hụt nào đó trong các khả năng hỗ trợ phân loại của Đội nghiên cứu;
- không đào tạo và huấn luyện đội nghiên cứu đúng cách trong các thủ tục huỷ tài liệu khẩn cấp; và
- không thực hiện hành động có hiệu quả để hoàn thành việc tiêu huỷ khẩn cấp sau khi đã được Chỉ Huy của Bộ Tư lệnh ra lệnh xử lý tất cả các tài liệu còn lại.
Tòa án cũng phán quyết trung úy Edward R. Murphy Jr., Hải quân Hoa Kỳ, Executive Officer của USS PUEBLO, bị phạt không hình phạt dưới hình thức thư cảnh cáo vì bị cáo buộc là :
- lơ là trong việc thực hiện nhiệm vụ của mình với vai trò Executive Officer, trong đó ông sơ suất thất bại trong việc tổ chức và lãnh đạo thủy thủ đoàn trong ngày bị bắt giữ, đặc biệt là trong nhiệm vụ nội bộ của tàu về việc tiêu huỷ khẩn cấp tài liệu mật.
