USS Liberty đã thực hiện nhiệm vụ của mình như đã định trước và vào hôm 8-6-1967 (ngày thứ tư của cuộc chiến tranh sáu ngày) một sự hiểu lầm quân sự bi thảm nhất giữa hai đồng minh đã diễn ra ở vùng Địa Trung Hải phía Đông ngoài khơi bờ biển Sinai.
Tướng Yitzhak Rabin thuộc lực lượng phòng vệ quốc gia Israel đã nói rõ rằng Israel sẽ thực hiện tất cả các hành động được cho là cần thiết để bảo vệ bờ biển. Tuy nhiên, một loạt các hành động sai lầm vào sáng sớm ngày 8/6 đã dẫn đến một con tàu mang cờ hiệu của Hoa Kỳ bị coi là tàu không rõ ràng và thù địch.
Vấn đề càng trầm trọng hơn một báo cáo về một con tàu của Ai Cập đang bắn phá bờ biển Israel nên lúc 2 giờ chiều theo giờ địa phương, một cuộc tấn công về phía tàu Mỹ đã được phê chuẩn.
Hai máy bay phản lực Mirage của Israel đã nhào xuống chiếc tàu và khai hỏa khẩu pháo 30mm cũng như phóng tên lửa vào tàu USS liberty. Thủy thủ đoàn của tàu USS Liberty hoàn toàn bất ngờ khi cuộc tấn công xảy ra.
Thật không may cho USS Liberty, nó chỉ được trang bị súng máy 4 nòng .50 caliber(12,7 mm) không thể chống trả một cuộc tấn công như vậy.
Thuyền trưởng McGonagle bị thương trong đợt đầu tiên vào tay và chân, buồng chỉ huy bị phá hủy nhưng ông ta vẫn từ chối rời khỏi buồng chỉ huy để nhận chăm sóc y tế vì tàu vẫn đang bị tấn công.
Ông ta tiếp tục chỉ đạo kiểm soát thiệt hại, điều khiển tàu, và xác định bên nào đang nổ súng vào mình.
Thuyền trưởng McGonagle
