Cũng như Mahabodhi, chùa vàng Shwezigon là một ‘ngoại lệ’ ở Bagan, trước tiên vì chùa được dát vàng từ chân lên đỉnh tương tự như chùa vàng Shwedagon nổi tiếng ở Yangon; đêm đêm, ánh đèn pha phản chiếu từ ngôi chùa làm sáng rực cả một vùng. Chùa Shwezigon không nằm trong thành cổ như Mahabodhi, cũng không nằm ngoài cánh đồng như những ngôi đền khác mà đứng riêng một cõi gần bến xe Nyang-U. Nếu như các đền tháp khác đều ít nhiều bị thời gian tàn phá thì đền Shwezigon hoàn toàn nguyên vẹn, dù ngôi đền được xây dựng từ năm 1102, dưới thời các vua Anawrahta và Kyansittha.
Trận động đất năm 1975 đã tàn phá, gây ra thiệt hại lớn cho ngọn tháp và đỉnh của mái vòm. Tuy nhiên, với sự đóng góp của người dân địa phương cùng du khách quốc tế, ngôi chùa đã được trùng tu sửa chữa. Nhưng khi đến chùa vàng Shwezigon du khách sẽ thấy toàn bộ cấu trúc của chùa được mạ vàng một lần nữa nhưng phần dưới của tháp và sân thượng vẫn giữ lại được cấu trúc cơ bản như ban đầu được xây dựng vào thế kỷ 11.
Ngày nay, chùa Shwezigon là một khu phức hợp rộng hàng chục hécta có tường cao bao bọc chung quanh. Ở chính giữa khu phức hợp là ngôi chùa vàng khổng lồ, chung quanh có hàng chục ngôi đền nhỏ hơn cùng với nhiều dãy nhà rộng làm nơi tụ họp của Phật tử, nơi chuẩn bị đồ lễ trong những dịp lễ hội. Những hành lang dài có mái che dẫn vào chùa được cư dân trong vùng tận dụng để mở những dãy sạp bán hàng lưu niệm và bên trong ngay cạnh đền chính cũng có những quày hàng như vậy. Hàng lưu niệm mang đặc trưng Bagan là những bức tranh cát - họa sĩ dùng cát nhuộm màu rồi tô lên những tấm vải có phết keo, tạo thành những bức tranh miêu tả cảnh quan đền đài hoặc những họa tiết kiến trúc ở Bagan.