Vấn đề là ở chỗ, ngay từ khi được phê duyệt và đi vào vận hành thương mại (từ tháng 2/2009), dự án lọc dầu Dung Quất đã không vận hành theo cơ chế thị trường.
Từ năm 2009 đến nay Nhà máy lọc dầu Dung Quất nhận được hàng loạt ưu đãi rất lớn: thời gian khấu hao dự án là 20 năm (dài hơn thời gian 15 năm nêu trong Báo cáo nghiên cứu khả thi), được hưởng mức giá trị ưu đãi tính trong giá bán đối với xăng, dầu là 7%, LPG là 5% và sản phẩm hóa dầu là 3%.
Ngoài ra, dự án còn được hưởng thuế thu nhập doanh nghiệp là 10% trong thời gian 30 năm, thấp hơn nhiều so với mức thuế mà các doanh nghiệp trong khu kinh tế Dung Quất được hưởng, miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp cho 9 năm tiếp theo.
Như vậy có nghĩa là nếu thị trường có lên, có xuống, doanh nghiệp dầu khí nào lỗ thì lỗ chứ với chừng ấy ưu đãi, Dung Quất vẫn có khả năng cân đối tài chính.
Tuy nhiên, để cho Dung Quất có lãi tính đến hết năm 2015 (năm 2015 lãi gần 6.000 tỉ đồng) thì khoản lãi này phải xuất phát từ ưu đãi, từ cơ chế cấp bù thuế, cộng vào giá bán cho dự án mà từ trong các văn bản của Chính phủ là “cơ chế điều tiết nguồn thu”. Kể cả trong trường hợp thuế suất thuế nhập khẩu xăng dầu xuống thấp dưới 7% thì Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) vẫn phải cấp bù số chênh lệch này.
Tính từ năm 2010 đến nay, Dung Quất có năm lỗ, năm lãi (đỉnh cao là năm 2013 lãi 3.000 tỉ đồng), theo Báo cáo của PVN năm 2015. Nhưng nếu tính chung từ năm 2010-2014, nhà máy vẫn lỗ trên 1.000 tỉ đồng. Còn nếu tính sòng phẳng, loại trừ trợ giá bằng thuế ra khỏi giá sản phẩm thì cũng từ năm 2010-2014, Dung Quất lỗ lên tới 27.600 tỉ đồng. Điều đó có nghĩa là PVN cấp bù chừng đó tiền cho Dung Quất. Và số tiền cấp bù cho Dung Quất được hạch toán vào lợi nhuận trước thuế của PVN.
Vì thế, nhiều khi PVN công bố lợi nhuận trước thuế hàng năm là vậy song thực chất khoản lợi nhuận đó không về ngân sách đầy đủ mà chỉ mang tính hạch toán sổ sách kế toán.
Như vậy, Nhà máy lọc dầu Dung Quất đi vào vận hành từ những năm giá dầu thế giới cao, cộng với hàng loạt ưu đãi mà còn thua lỗ thì khi giá thế giới giảm sâu, cơ chế ưu đãi vẫn tồn tại nhưng bị thị trường (ở đây là lộ trình thực hiện các FTA) “vô hiệu hóa”, việc thua lỗ thực tế còn lộ ra rõ hơn.