Năm 1962, sau khi thôi làm Tỉnh trưởng Kiến Hòa, sang Mỹ học một khóa quân sự cao cấp, Phạm Ngọc Thảo được bổ nhiệm làm Thanh tra Ấp chiến lược, trực thuộc Phủ Tổng thống. Thời gian này mối quan hệ giữa ông với ông Trần Kim Tuyến và Huỳnh Văn Lang càng thân thiết. Với sức thuyết phục mạnh mẽ của một nhà quân sự vừa có trình độ, vừa chân thành vốn có, ông được nhiều sĩ quan có tinh thần dân tộc ngưỡng mộ.
Trong những năm 1962 - 1963, giữa lúc phong trào Đồng khởi lan rộng ở nông thôn, chính trường miền Nam Việt Nam trở nên rối ren. Gia đình họ Ngô vừa cai trị độc tài, vừa muốn thoát khỏi sự can thiệp của người Mỹ, tình hình này khiến cho phong trào đấu tranh của quần chúng ở đô thị dâng cao. Người Mỹ thì muốn gạt bỏ gia đình họ Ngô để thay vào đó giới lãnh đạo thân Mỹ nhằm biến miền Nam thực sự là một tiền đồn chống cộng. Biết trước sau gì gia đình họ Ngô cũng bị người Mỹ lật đổ để dựng lên một chính quyền nguy hiểm hơn, Phạm Ngọc Thảo cùng với Trần Kim Tuyến và Huỳnh Văn Lang lên một kế hoạch đảo chính với mục tiêu “cải sửa” chế độ nhằm vô hiệu hóa ý đồ của người Mỹ. Theo kế hoạch này, lực lượng đảo chính sẽ vẫn giữ Ngô Đình Diệm làm tổng thống, chỉ buộc Ngô Đình Nhu ra nước ngoài. Tuy nhiên, kế hoạch bị lộ, Trần Kim Tuyến bị đưa đi làm lãnh sự ở Ai Cập. Ngô Đình Nhu không tin Phạm Ngọc Thảo tham gia kế hoạch này, thứ nhất là ông Nhu không tin ông Thảo phản bội, thứ hai là ông Thảo “không có quân”. Thực ra lúc đó ông Thảo đã được nhiều sĩ quan chỉ huy ở Quân đoàn 3, Quân đoàn 4, một số đơn vị biệt động quân, bảo an hậu thuẫn. Cuộc đảo chính không thành chủ yếu do thành phần đảo chính không phải là những người mà người Mỹ có thể nắm được.
Và như chúng ta đã biết, ngày 1.11.1963, một nhóm tướng lĩnh do Mỹ bật đèn xanh, đã tiến hành đảo chính lật đổ chế độ Ngô Đình Diệm. Anh em ông Diệm, ông Nhu bị chết thảm. “Hội đồng quân nhân cách mạng” (HĐQNCM) do tướng Dương Văn Minh đứng đầu lên cầm quyền. Phạm Ngọc Thảo dù không chủ động tham gia cuộc đảo chính này, vẫn được HĐQNCM cử làm tùy viên báo chí, sau đó được cử sang Mỹ tu nghiệp. HĐQNCM cầm quyền được 2 tháng, đã bị tướng Nguyễn Khánh và tướng Trần Thiện Khiêm 2 lần “chỉnh lý”, thâu tóm mọi quyền lực.
Lên cầm quyền, Nguyễn Khánh rút Phạm Ngọc Thảo về nước, cử làm giám đốc báo chí, phát ngôn viên chính phủ, lúc này ông đã được thăng đại tá. Mâu thuẫn giữa các tướng lĩnh trong giới cầm quyền ngày càng gay gắt, Nguyễn Khánh tiếp tục loại Trần Thiện Khiêm, đưa ông tướng này đi làm đại sứ tại Mỹ. Phạm Ngọc Thảo cũng được đưa sang Mỹ làm tùy viên văn hóa, quân sự vào đầu tháng 10.1964. Ông đưa luôn vợ con sang (họ định cư ở Mỹ cho đến ngày nay). Tuy nhiên, sau đó do nghi ngờ Phạm Ngọc Thảo, nên cuối năm 1964, Nguyễn Khánh ra lệnh triệu hồi Phạm Ngọc Thảo về nước, với ý đồ sẽ bắt ông tại sân bay Tân Sơn Nhất. Phạm Ngọc Thảo đã khôn khéo không về đúng giờ bay dự định nên thoát. Có mặt ở Sài Gòn, ông bí mật móc nối tổ chức lực lượng, kéo tướng Lâm Văn Phát và hàng chục sĩ quan khác tiến hành cuộc đảo chính ngày 19.2.1965.
Điều kỳ lạ là lúc đó Phạm Ngọc Thảo, tuy là đại tá nhưng không cầm quân và đang bị Nguyễn Khánh truy bắt, lại có thể tổ chức và chỉ huy một lực lượng không dưới một sư đoàn làm binh biến (gồm các đơn vị thiết giáp với 45 xe tăng và thiết giáp, các đơn vị địa phương quân, lực lượng của Trường bộ binh Thủ Đức và chủ lực là trung đoàn 46 thuộc Sư đoàn 25 bộ binh). Cuộc binh biến do tướng Lâm Văn Phát cầm đầu về danh nghĩa, còn thực tế do Phạm Ngọc Thảo tổ chức và chỉ huy, sau này người ta gọi ông là “Tư lệnh hành quân 19.2”.
Chỉ trong 1 ngày, lực lượng đảo chính đã chiếm Bộ Tổng tham mưu, Bộ Tư lệnh biệt khu thủ đô (trại Lê Văn Duyệt), Đài phát thanh Sài Gòn, bến Bạch Đằng và sân bay Tân Sơn Nhất. Đáng tiếc là do một số sơ sót trong hợp đồng tác chiến, Nguyễn Khánh đã được Tư lệnh Không quân lúc đó là Nguyễn Cao Kỳ cứu thoát.
Chúng tôi có dịp gặp ông Nguyễn Cao Kỳ năm 2008. Hỏi về sự kiện này, ông Nguyễn Cao Kỳ nói: “Cái ông Phạm Ngọc Thảo này rất lạ. Hồi đó nhiều người nghĩ ổng là cộng sản, nhưng lạ là không ai làm gì được ổng. Ổng nói nhỏ nhẹ và rất thuyết phục, ai cũng nghe. Năm 1965, tôi mà không ngăn cản thì ổng đã làm Thủ tướng rồi”. Ngẫm nghĩ một hồi, ông Kỳ nhớ lại: “Cuộc đảo chính diễn ra bất ngờ đến mức tôi không kịp mặc áo, chỉ mặc may ô chui hàng rào thép gai ra lấy máy bay chạy về Biên Hòa. Sau đó ông Thảo lên Biên Hòa gặp tôi, cùng đi có một đại tá Mỹ. Ổng thuyết phục tôi ủng hộ quân đảo chính. Nói thật là tôi không ưa gì Nguyễn Khánh, nhưng quân đội đánh nhau tôi không đồng ý. Tôi bảo các anh phải cho quân về ngay doanh trại, đến 5 giờ chiều mà không rút quân tôi sẽ cho máy bay ném bom”. Đó là lý do khiến cuộc đảo chính thất bại.
Tuy nhiên, Nguyễn Khánh cũng bị loại. Nguyễn Văn Thiệu, Nguyễn Cao Kỳ và một số tướng lãnh được sự hậu thuẫn của người Mỹ đã lựa gió phất cờ, họp Hội đồng tướng lãnh buộc Nguyễn Khánh từ chức và trục xuất ông này ra nước ngoài với danh nghĩa là “đại sứ lưu động”, cử tướng Nguyễn Chánh Thi làm chỉ huy chống đảo chính, ra lệnh cho Phạm Ngọc Thảo, Lâm Văn Phát cùng 13 sĩ quan “đầu sỏ” tham gia đảo chính trong vòng 24 giờ phải ra trình diện. Phạm Ngọc Thảo, tướng Lâm Văn Phát, trung tá Lê Hoàng Thao (Trung đoàn trưởng Trung đoàn 46) bỏ trốn.
Tháng 6.1965, Hội đồng tướng lĩnh giải tán chính phủ dân sự của Phan Huy Quát, đưa tướng Nguyễn Văn Thiệu làm Chủ tịch Ủy ban lãnh đạo quốc gia (tương đương quốc trưởng), tướng Nguyễn Cao Kỳ làm Chủ tịch Ủy ban hành pháp trung ương (tương đương thủ tướng). Chính quyền Thiệu - Kỳ lập tòa án quân sự để xử những người tham gia đảo chính. Phạm Ngọc Thảo bị kết án tử hình vắng mặt, chúng treo giải thưởng 3 triệu đồng cho ai bắt được ông.
Lúc này tuy ông phải lẩn tránh sự truy bắt của chính quyền, nhưng vẫn còn nắm được 1 tiểu đoàn. Ông liên lạc với ông Võ Văn Kiệt. Ông Kiệt gặp ông và gợi ý ông ra chiến khu cho an toàn, có thể dẫn theo tiểu đoàn này với danh nghĩa binh biến ly khai. Tuy nhiên, ông cho biết ông vẫn còn có khả năng tổ chức đảo chính để ngăn chặn chính quyền quân phiệt rước quân viễn chinh Mỹ vào gây tội ác. Ông Võ Văn Kiệt đồng ý.
Phạm Ngọc Thảo tiếp tục hoạt động bí mật ở Sài Gòn, cho xuất bản tờ “Việt Tiến” để tập hợp lực lượng. Ông được các giám mục, linh mục, giáo dân Công giáo cùng nhiều bạn bè trong và ngoài quân đội giúp đỡ, bảo vệ.
Còn Nguyễn Văn Thiệu, sau khi lên nắm chính quyền, thấy rõ Phạm Ngọc Thảo là mối đe dọa nguy hiểm đến vị trí quyền lực của mình, nên quyết tìm mọi cách tiêu diệt ông để trừ hậu họa. (còn tiếp)