Về quản lý tôn giáo, trước kia, coi tôn giáo là "đối tượng", nên có phần dè dặt.
Hiện tại quan điểm của Đảng, Nhà nước coi tôn giáo là "nguồn lực" cho an dân, phát triển kinh tế văn hóa xã hội. Có đầy đủ Luật tín ngưỡng - tôn giáo + Các nghị định giúp tôn trọng quyền tự do tôn giáo của công dân, quản lý xã hội chặt chẽ, văn minh, thượng tôn Pháp luật. Trước có cả Ban Tôn giáo Chính phủ (ngang cấp Bộ) quản lý và hệ thống an ninh văn hóa, tôn giáo. Các chùa hoặc thiền viện ở các địa phương (là các cơ sở sinh hoạt tôn giáo của tổ chức tôn giáo là Giáo hội Phật giáo Việt Nam) đều thuộc diện theo dõi, quản lý của Ban Tôn giáo tỉnh/thành + Ban Trị sự Phật giáo tỉnh/thành, một nhánh quản lý theo hành chính Chính quyền, một nhánh quản lý theo tổ chức tôn giáo.
Tuy nhiện thực tiễn trăm hoa đua nở, công tác quản lý đúng là không theo kịp...
Hiện có 36 tổ chức Tôn giáo được công nhận hợp pháp:
1. Giáo hội
Phật giáo Việt Nam (Phật giáo);
2. Giáo hội
Công giáo Việt Nam (Công giáo);
3. Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Bắc) (Tin lành),
4. Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) (Tin lành),
5. Hội truyền giáo Cơ đốc Việt Nam (Tin lành),
6. Tổng hội Báp-tit Việt Nam (tên gọi cũ là Tổng hội Báp-tit Việt Nam Ân điển - Nam Phương) (Tin lành),
7. Giáo hội Báp-tit Việt Nam (tên gọi cũ là Hội thánh Báp-tit Việt Nam - Nam Phương) (Tin lành),
8. Hội thánh Tin lành Trường Lão Việt Nam (Tin lành),
9. Hội thánh Mennonite Việt Nam (Tin lành),
10. Hội thánh Liên hữu Cơ đốc Việt Nam (Tin lành),
11. Giáo hội Phúc Âm Ngũ tuần Việt Nam (Tin lành);
12. Hội thánh Cao Đài Tiên Thiên (Cao Đài),
13. Hội thánh Cao Đài Minh Chơn đạo (Cao Đài),
14. Hội thánh Cao Đài Chiếu Minh Long Châu,
15. Hội thánh truyền giáo Cao Đài (Cao Đài),
16. Hội thánh Cao Đài Tây Ninh (Cao Đài),
17. Hội thánh Cao Đài Ban Chỉnh đạo (Cao Đài),
18. Hội thánh Cao Đài Bạch y liên đoàn Chơn lý (Cao Đài),
19. Hội thánh Cao Đài Chơn lý (Cao Đài),
20. Hội thánh Cao Đài Cầu kho – Tam quan (Cao Đài),
21. Hội thánh Cao Đài Việt Nam Bình Đức (Cao Đài);
22. Giáo hội Phật Giáo Hòa Hảo (Phật giáo Hòa Hảo);
23. Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo TP. Hồ Chí Minh (Hồi giáo),
24. Cộng đồng Hồi giáo (Islam) tỉnh An Giang (Hồi giáo),
25. Hội đồng Sư cả Hồi giáo Bàni tỉnh Ninh Thuận (Hồi giáo),
26. Cộng đồng Hồi giáo (Islam) tỉnh Tây Ninh (Hồi giáo),
27. Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo (Islam) tỉnh Ninh Thuận (Hồi giáo),
28. Hội đồng Sư cả Hồi giáo Bàni tỉnh Bình Thuận (Hồi giáo),
29. Cộng đồng Tôn giáo Baha’i Việt Nam (Tôn giáo Baha’i);
30. Giáo hội Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam (Tịnh độ Cư sỹ Phật hội);
31. Giáo hội Cơ đốc Phục Lâm Việt Nam (Cơ đốc Phục Lâm);
32. Phật hội Tứ Ân hiếu nghĩa (Phật giáo Tứ Ân hiếu nghĩa);
33. Giáo hội Phật đường Nam Tông Minh Sư đạo (Minh Sư đạo);
34. Hội thánh Minh lý đạo – Tam Tông Miếu (Minh lý đạo - Tam Tông Miếu);
35. Hội đồng chức sắc Chăm Bà-la-môn tỉnh Ninh Thuận (Bà-la-môn giáo);
36.Hội đồng chức sắc Bà-la-môn giáo tỉnh Bình Thuận (Bà-la-môn giáo).
Các "tôn giáo" giờ cũng sáng tạo lắm, đăng ký hoạt động mới liên tục, nương cả vào lãnh tụ và CNXH, vi như đạo thờ "Phật Ngọc Hồ Chí Minh", đạo "Nghĩa tình dân tộc" đang hoạt động ngoài vòng pháp luật...