Các thời kỳ lịch sử tiếp theo của Vịnh Tokyo là thời kỳ Kamakura, thời kỳ Sengoku, thời kỳ Momoyama. Vào những thời kỳ này, Edo-Tokyo không phải là một vùng đất quá quan trọng, chỉ có một thành trì rất nhỏ ở đây tên là Edojuku và không có ghi chép gì nhiều về những thời kỳ này.
Chỉ tới khi Tướng quân Tokugawa Ieyasu chọn Edojuku là đầu não quân sự, tập hợp các chiến binh, thợ thủ công, tăng cường sức mạnh cho thành Edojuku bằng các chiến hào, cầu cống, phát triển thêm cơ sở vật chất.
Thời kỳ Edo (Edo jidai) bắt đầu khi Tướng quân Tokugawa Ieyasu trở Mạc chúa vào năm 1603, biến Edo trở thành một thành trì hưng thịnh như là "Thủ đô" của Nhật Bản (cho dù về mặt pháp lý, Kyoto là thủ đô chính thức, nhưng Thiên Hoàng Nhật Bản đóng đô ở Kyoto lúc đó, không có quyền lực trong tay). Việc hình thành nên Tokyo ngày này có lẽ cũng giống như sự kiện vua Lý Thái Tổ dời đô từ Hoa Lư ra Thăng Long.
Trong ảnh là bức tượng Tướng quân Tokugawa Ieyasu, người đã khai sinh ra thành phố Tokyo ngày nay (bức tượng này có tỷ lệ bằng người thật).