Ngày 20/8/1963, chính phủ huy động cảnh sát, quân đội và lực lượng đặc biệt đồng loạt tấn công các chùa trung tâm tại Sài Gòn và Huế là các chùa Ấn Quang, Xá Lợi, Từ Đàm, Diệu Đế, Linh Quang cùng các chùa lớn làm căn cứ cho cuộc tranh đấu của Phật giáo trên cả nước, bắn nát mặt tượng Phật, bắt giam 1.400 nhà sư cùng các lãnh đạo Tổng hội Phật giáo Việt Nam và Uỷ ban Liên phái, dùng dây thép gai vây quanh các chùa không cho Phật tử ra vào.
Ở chùa Xá Lợi ngày 21/8/1963, hai vị lãnh đạo Tổng Hội Phật giáo Việt Nam là Hòa thượng Thích Tịnh Khiết và Thượng tọa Thích Tâm Châu bị bắt. Ngay sau khi bị bắt, lãnh đạo Tổng Hội Phật giáo Việt Nam hòa thượng Tịnh Khiết được thả về chùa Ấn Quang. Tất cả các những người phụ tá cho ông vẫn bị giam giữ.
Hành động này của chính quyền Ngô Đình Diệm đã làm cho chính quyền Hoa Kỳ phải hành động để loại bỏ anh em Diệm-Nhu
Trước đó đại sứ Noting, người ủng hộ Ngô Đình Diệm, đã bị cách chức khi đang công du châu Âu
Lập tức chính quyền John Kennedy đã gửi Đại sứ Cabot Lodge tới Sài Gòn để chuẩn bị hạ Diệm-Nhu
Hôm 22/8/1963, Cabot Lodge tới Sài Gòn thì hai hôm sau một bức điện tuyệt mật của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ được gửi tới ông cho phép ông ra tay với anh em Diệm-Nhu