Ngày 25 tháng 10 năm 2018, Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng CS Việt Nam công bố kết luận tại kỳ họp thứ 30, từ ngày 17 đến 19/10, cho rằng ông Chu Hảo, Giám đốc - Tổng Biên tập Nhà xuất bản Tri thức, đã vi phạm quy định về những điều đảng viên không được làm, có những bài viết, phát ngôn có nội dung trái với Cương lĩnh chính trị, Điều lệ Đảng, nghị quyết, chỉ thị, quy định của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước. Ông Chu Hảo được cho đã suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa”, từ năm 2011 đến nay, ông Chu Hảo đã tham gia ký tên, soạn thảo và trực tiếp soạn thảo 7 kiến nghị, thư ngỏ với nhiều nội dung chưa đúng, không phù hợp, trái với đường lối, quan điểm của Đảng và Nhà nước, để các phần tử xấu lợi dụng, xuyên tạc sự thật, ảnh hưởng đến uy tín và vai trò lãnh đạo của Đảng và Nhà nước. Ông buộc "chịu trách nhiệm chính về việc Nhà xuất bản Tri thức từ năm 2005 đến 2018 xuất bản 29 cuốn sách có nội dung trái với quan điểm, chủ trương, đường lối của Đảng, Nhà nước, vi phạm luật Xuất bản, bị cơ quan chức năng xử lý, thu hồi và tiêu hủy"
Cụ thể trong giai đoạn 2005-2009, ông đã cho xuất bản 5 cuốn sách bao gồm Đường về nô lệ (F.A. Hayek), Karl Marx (Peter Singer), Tranh luận để đồng thuận (Nhiều tác giả), Việt Nam thay đổi và hạnh phúc (Nhiều tác giả), Ông Sáu Dân trong lòng dân (Nhiều tác giả). Giai đoạn 2009-2018, ông xuất bản 2 cuốn vi phạm về chính trị, tư tưởng bị cấm phát hành; 17 cuốn sách sai phạm ở mức độ ít nghiêm trọng và 5 cuốn không được phép tái bản.
Ngày 29 tháng 10, trong nội dung thư ký tên của Chu Hảo hôm 26/10/2018 nhưng mới vừa được lan truyền trên mạng xã hội ở Việt Nam hôm 29/10, ông viết rằng Đảng Lao động Việt Nam (nay là Đảng CS Việt Nam) mà ông gia nhập 45 năm trước "không còn tính chính danh. Đảng này (hiện có trên 4 triệu thành viên), có nhiều khuất tất, ngày càng thoái hóa, đi ngược lại quyền lợi của dân tộc và xu thế tiến bộ của nhân loại" và đề nghị chi bộ "xóa tên tôi trong danh sách Đảng viên".
Từ ngày 12 đến 14/11/2018 tại kỳ họp thứ 31 của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Ủy ban đã xem xét thi hành kỷ luật ông Chu Hảo bằng hình thức khai trừ Đảng. Ủy ban kết luận, quá trình xem xét kỷ luật, ông Chu Hảo không chấp hành quy định của Đảng, "có hành vi chống đối".
