Năm 2002, Văn Quyết thi đấu tốt trong màu áo U20 Việt Nam tại vòng loại U20 châu Á và một lần nữa ẵm giải thưởng dành cho cầu thủ trẻ. Năm 2003, 3 tháng liên tiếp anh được bình chọn cầu thủ xuất sắc nhất tại V.League. Đặc biệt, anh ghi một bàn thắng để đời vào lưới Hàn Quốc tại vòng loại Giải vô địch bóng đá 2004. Tiếp đến, Quyến giữ vững phong độ, tỏa sáng trong màu áo U23 Việt Nam tại SEA Games 22. Cuối năm 2003, Văn Quyến giành danh hiệu Quả bóng vàng Việt Nam với sự thừa nhận từ giới chuyên môn và người hâm mộ.
Đáng tiếc, những thành công đến sớm khiến Văn Quyến không còn giữ được đôi chân trên mặt đất. Năm 2005, Quyến tiếp tục cùng U23 Việt Nam dự SEA Games 23 tại Philippines. Giải đấu đó, U23 Việt Nam giành huy chương bạc nhưng phong độ của chân sút người xứ Nghệ là đề tài bị chỉ trích rất nhiều. Tháng 12/2005, Văn Quyến bị bắt và khởi tố vì những bê bối để nhận tiền để dàn xếp tỉ số.
Năm 2007, Quyến bị tuyến phạt 2 năm tù nhưng được hưởng án treo. Riêng LĐBĐ Việt Nam cũng ra quyết định treo giò cầu thủ này trong tất cả các giải do Liên đoàn tổ chức trong 4 năm (tính từ ngày 20 tháng 3 năm 2007). Tuy nhiên, 2 năm sau anh đã được giảm án vào góp mặt tại V.League 2009 trong màu áo SLNA. Quyến thi đấu 4 năm cho Nghệ An, 2 năm cho Ninh Bình trước khi giải nghệ vào cuối năm 2014.
Sau hơn 3 năm "dùi mài kinh sử' với tấm bằng HLV, "cựu thần đồng" Phạm Văn Quyến chính thức bước chân vào nghề huấn luyện và đạt những thành công nhất định. Năm 2018, Văn Quyến lần đầu tham gia công tác đào tạo trẻ khi dẫn dắt đội U11 SLNA cùng người đồng đội cũ Phan Như Thuật. Tại đây, anh đã có chức vô địch đầu tiên trong sự nghiệp cầm quân khi cùng U11 SLNA vô địch giải Nhi đồng toàn quốc.
Sau đó 1 năm, Văn Quyết được đôn lên giữ chức HLV phó đội U15 SLNA và tiếp tục song hành cùng HLV trưởng Phan Như Thuật. Thành công một lần nữa tìm đến bộ đôi HLV danh tiếng khi U15 SLNA giành được chức vô địch giải U15 Quốc gia 2019.
Nhờ những thành công vượt cả mong đợi, Văn Quyến tiếp tục được BLĐ SLNA tin tưởng, bổ nhiệm vào vị trí trợ lý HLV đội U17 SLNA. Với nòng cốt là lứa học trò cũng từ U15, "cựu thần đồng" một thời được kỳ vọng sẽ tiếp tục vững bước trên con đường huấn luyện.