- Làn xe máy quá nhỏ so với lưu lượng lưu thông cây cầu này từ sau khi có VinHomes và mấy khu bên LB sau 2010.
- Cầu không có phân cách cứng ở giữa, chỉ có vạch liền và mặt cầu chỉ có 4 làn xe cơ giới.
- Tốc độ qui định trước kia là 80km/h đã hạ xuống 50km/h từ mấy năm nay. Nhưng xe ô tô đi quá tốc độ nhiều. Xe máy thì đi sai làn, lao sang làn ô tô.
Xe ôtô, nhất là xe máy quay đầu và sang đường trên cầu không ít. Thêm nữa tình huống xe máy đi "tắt" ngược chiều đoạn có phân cách cứng cho...nhanh.
- Một vài điểm không hợp lý tạo góc nguy hiểm như: chỗ rẽ vào Nguyễn Khoái xe máy đi thẳng về Minh Khai phải cắt mặt các ô tô rẽ vào đó. Chỗ dốc cầu phía đầu Minh Khai có chỗ góc vuông rất nguy hiểm cho các xe đi thẳng nếu không để ý có thể tông vào chỗ phân cách đó tung đầu xe.
Đó là những bất cập tại cầu Vĩnh Tuy, nhưng cơ bản nhất là "Không chấp hành luật giao thông" của một bộ phận không nhỏ người tham gia giao thông qua đây nói riêng, ở thủ đô nói chung.