Sau khi tiến quân vào làng El Mozote, binh lính của Tiểu đoàn Atlacatl ra lệnh cho toàn bộ dân cư phải rời khỏi nhà cửa để chúng lục soát và sau đó tra hỏi về hoạt động của quân du kích
Tiếp đến, chúng ra lệnh cho dân làng trở vào nhà và không được ra ngoài, nếu bất tuân lệnh sẽ bị bắn chết. Đến sáng 11/12/1981, binh lính lại buộc dân làng ra khỏi nhà, tách đàn ông, phụ nữ, trẻ con thành từng nhóm rồi lùa vào nhà thờ, trường học, trạm xá và cả nhiều ngôi nhà khác, sau đó tra khảo và cuối cùng là bắn chết. Sau đó chúng phóng hỏa, đốt phá để phi tang tội ác.
Ngày 15/12/1981, Đài Phát thanh bí mật của FMLN bắt đầu đưa tin về vụ thảm sát gần 1.000 người dân tại làng El Mozote bởi quân đội El Salvador. Và chỉ đến ngày 20/12/1981, FMLN mới chính thức cảnh báo cho các tổ chức nhân đạo quốc tế, Ủy ban nhân quyền của OEA và các phương tiện thông tin đại chúng về việc đã xảy ra một thảm họa diệt chủng tại làng El Mozote đối với cả ngàn dân thường vô tội.
Tuy nhiên, cả chính quyền El Salvador và Sứ quán Mỹ tại El Salvador đều phủ nhận thông tin liên quan đến vụ thảm sát và tố cáo FMLN đã dựng đứng và thổi phồng quá mức sự thật đồng thời cảnh báo các tổ chức nhân quyền, phóng viên báo chí không nên đến làng El Mozote để thu thập thông tin lấy lý do là El Mozote là một vùng mất an ninh.