Có rất nhiều lý do, thưa cụ/mợ, trong đó có những yếu tố sau:
1. Tương đồng về điều kiện tự nhiên, nhất là bờ biển dài và kinh tế biển giữ quan trọng; tương đồng về văn hoá, là một trong 4 (hoặc 6 nếu tỉnh Đài Loan và TQ khác nhau, HQ - Triều Tiên khác nhau) quốc gia xưa kia "xa đồng quỹ, thư đồng văn", tức là "Bánh xe cùng một cỡ, cùng dùng loại chữ",...
2. 2 nước nhỏ hơn (về diện tích và dân số) ở phía Đông và Nam có ý chí kiên cường và có thế lực, nhất là trong vấn đề chống lại chủ nghĩa bành trướng của Trung Quốc, tức là cả hai có chung "lợi ích chiến lược".
3. Sự tôn trọng và chia sẻ lẫn nhau. Từ đầu thế kỷ XX nhiều chí sỹ Việt Nam đã Đông Du (Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh) đã sang Nhật Bản để học hỏi. Người Viêt không nhắc lại quá khứ: Trong thời kỳ chiến tranh thế giới thứ 2, Nhật chiếm Trung Quốc, Việt Nam; binh sĩ Nhật gây nhiều tội ác. Song giữa Việt Nam và Trung Quốc đến nay có ứng xử trái ngược nhau. Người TQ luôn tuyên truyền, dựng rất nhiều phim, truyện để kể tội ác của người Nhật, khoét sâu sự chia cắt. Trong khi đó, người Việt Nam đã "quên" những chuyện đó, thậm chí không muốn nhắc. Nhà cháu nhớ không chính xác nhưng có quan chức ngoại giao Nhât chia sẻ trong một cuộc giao lưu: Chính tinh thần này khiến người Nhật rất tôn trọng người Việt, cảm thấy "mắc nợ" nên muốn trả bằng cách này hay cách kia.
4. Lịch sử ngoại giao để lại: Trước năm 1995 đã có một số quan chức chính phủ Việt - Nhật thăm viếng, hợp tác. Sau năm 1990, Việt nam muốn mở cửa bang giao với các nước tư bản và đã có rất nhiều chuyến viếng thăm nhưng chưa có cấp cao nhất (về chính trị là Tổng bí thư). Sau nhiều cân nhắc, Việt Nam đã chọn Nhật Bản là quốc gia đầu tiên (không kể các nước XHCN hoặc dân chủ) với chuyến thăm của Tổng bí thư Đỗ Mười vào năm 1995 và có tiếp kiến Nhật Hoàng. Ngày nay là chuyện bình thường nhưng tại thời điểm năm 1995 là một sự kiện chính trị cực kỳ quan trọng. Từ đó đến nay, Thủ tướng Nhật khi nhậm chức thường chọn Việt Nam là chuyến thăm đầu tiên khi công cán nước ngoài. Đó là sự tôn trọng lẫn nhau...
Còn nhiều lý do khác, mời cụ/mợ bổ sung.