Đến ngày 6-11-1963, bỗng chiếc quan tài của Nhu bị xì hơi bay mùi khó chịu.
Ngày 7-11-1963, nhận thấy tình trạng học sinh và Phật tử đô thành còn phẫn nộ, không thể an táng Diệm-Nhu được tại Sài gòn hay đưa về Huế, phần vì một quan tài đã bị xì hơi thối nên vợ chồng Trần Trung Dung gửi thư yêu cầu Trung tướng Tổng Tham mưu trưởng cho mượn một khu đất trong trại Trần Hưng Đạo, Bộ tổng tham mưu, để tạm mai táng hai quan tài Diệm-Nhu một thời gian rồi sẽ cải táng đem đi nơi khác..
Theo yêu cầu của vợ chồng Trần Dung Dung, Trung tướng quyền tổng tham mưu trưởng chỉ định an táng khoảng đất và Uỷ ban kiểm soát để tạm an táng Diệm-Nhu tại Bộ tổng tham mưu, theo Công văn số 835/TTM/VP ngày 7-11-1963.
Ngày 8-11-1968, đúng 20 giờ 20, hai quan tài Diệm-Nhu do quân nhân thuộc đại đội mai táng của quân vụ Trấn Sài gòn, dưới sự chỉ huy của đại úy Đỗ Văn Giương, Đại đội trưởng đại đội mai táng, được di chuyển bằng hai chiếc xe GMC từ phòng Hội đại đội Tổng hành dinh Tổng tham mưu đến đặt trên hai huyệt đã xây kim tĩnh sẵn tại khu vực lăng Võ Tánh sau chùa Hưng Quắc Tự phía Đông Bắc.
Khi đó có sự hiện diện của vợ chồng Trần Trung Dung và linh mục Claude Larre đại diện Toà Khâm sứ Sài gòn, do vợ chồng Trần Trung Dung mời đến để cử hành lễ cầu hồn đưa xác.
Đúng 21 giờ, hai quan tài được hạ xuống huyệt.
Mộ nằm về phía Đông Bắc, đầu hướng về phía Đông Tây, sau chùa Hưng Quốc Tự.
Hai nấm mộ được lấp đất và xây gạch kín tô đá rửa và mộ Diệm đề chữ huynh, mộ Nhu đề đệ.
Khi chôn cất Diệm-Nhu, ngoài vợ chồng Trần Trung Dung là cháu rể và linh mục người Pháp Larre cùng mấy người lính lo việc chôn cất, không có tướng lĩnh nào dám tới chứng kiến cả.
21 giờ ngày 8-11-1968, hai quan tài Diệm-Nhu được đại đội mai táng của Đại úy Đỗ Văn Giương hạ huyệt trong khuôn viên Trại Trần Hưng Đạo (Bộ Tổng Tham mưu) sau chùa An Quốc Tự chỉ có vợ chồng Trần Trung Dung và linh mục Claude Larre, đại diện Toà Khâm sứ Sài gòn được mời đến cầu hồn đưa xác, không có tưởng lĩnh nào VNCH dám tới chứng kiến cả