Để lựa chọn máy lọc nước, theo chúng tôi cần quan tâm đến 6 vấn đề sau:
1. Nguồn nước sử dụng: đối với các nguồn nước máy thường có chỉ tiêu tổng hàm lượng chất rắn hoà tan trong nước dưới 250 phần triệu, có thể sử dụng bất kỳ loại lọc nước nào, kể cả RO và Nano. Với các nguồn nước này, chỉ cần sử dụng máy 5 lõi lọc là đủ, cũng không cần thiết phải lắp thêm các lõi chức năng khác. Với các nguồn nước khác, nên chọn máy lọc RO và tuỳ theo nguồn nước mà lắp thêm các lõi chức năng như Nanosilver tăng cường diệt khuẩn cho nguồn nước nhiễm khuẩn, alkaline trung hoà axít dư dùng cho các nguồn nước có nguy cơ nhiễm phèn, với các nguồn nhiễm sắt, mage nặng, nên sử dụng lõi lọc số 2 là lõi trao đổi cation.
2. Mục đích sử dụng: Nếu chỉ dùng để nấu ăn, đun nước để uống thì nên chọn máy lọc nước Nano vì công suất lọc lớn, không có nước thải, không dùng điện, kết cấu gọn nhẹ, lắp đặt dễ dàng. Nếu dùng để uống trực tiếp thì nên sử dụng máy lọc nước RO vì chỉ tiêu nước tốt hơn. Nếu cần dùng nước nóng lạnh hoặc dùng cho các cơ quan thì nên dùng máy lọc nước nóng lạnh.
3. Công suất sử dụng: Nếu chỉ dùng cho gia đình hoặc cơ quan dưới 10 người thì nên sử dụng máy lọc nước công suất 10lít/giờ. Nếu dùng cho các cơ quan có số lượng người đến 20 người thì nên dùng máy lọc nước nóng lạnh. Nếu dùng cho các cơ quan có số lượng người đến 100 người thì nên sử dụng máy lọc nước công suất lớn 30 lít/giờ hoặc 50 lít/giờ.
4. Mức tiền: Với nhiều người thì mức tiền cũng là một vấn đề cần cân nhắc, nếu khả năng tài chính hạn hẹp, nên sử dụng các loại máy lọc nước của các hãng ít tên tuổi hơn để giảm chi phí, điều này cũng không ảnh hưởng đến chất lượng vì các dòng máy lọc nước hiện nay thường có chất lượng và độ tin cậy như nhau, chỉ khác nhau về phần thương hiệu là chủ yếu, mặt khác, nên chọn các loại máy thông dụng trên thị trường vì còn liên quan đến vấn đề tìm kiếm và thay thế các lõi lọc sau này.
5. Chi phí trong quá trình sử dụng: Khi lựa chọn các loại máy lọc nước, nếu cần cân nhắc về chi phí thay thế lõi lọc thì nên tham khảo qua phần giá cả các lõi lọc thay thế. Đối với các máy lọc nước RO, các lõi lọc số 6, 7, 8 cần cân nhắc sử dụng theo đúng nguồn nước để tiết kiệm chi phí. Có nhiều khách hàng băn khoăn về điện năng tiêu thụ của máy lọc RO và lượng nước thải của loại máy này. Tuy nhiên, với điện áp sử dụng là 24V thì điện năng tiêu thụ không đáng kể, 1 tháng nếu sử dụng liên tục cũng chỉ hết tối đa là 5 số điện. Còn lượng nước thải, tuy được coi là nhiều (60-70%), tuy nhiên nếu 1 gia đình 5 người sử dụng 1 tháng cũng chỉ hết khoảng 2 khối nước thải là nhiều. Như vậy thì điện năng và nước thải cũng không phải là vấn đề đáng quan tâm, nên quan tâm hơn là vấn đề bảo hành, bảo trì, thay thế các lõi lọc.
6. Vấn đề còn lại là nên lựa chọn uy tín của các hãng cung cấp máy, dịch vụ bảo hành và bảo trì: Các hãng máy lọc nước trên thị trường thường sử dụng kênh phân phối là các công ty trung gian, các đại lý. Do đó, có một số vấn đề liên quan đến việc phân chia quyền hạn bảo hành, bảo trì. Đôi khi các đại lý lắp đặt máy xong thì phó mặc bảo hành, bảo trì cho các hãng cung cấp máy, các hãng cung cấp máy lại không bảo hành phần lỗi do lắp đặt, dẫn tới khách hàng là người chịu thiệt thòi. Vì vậy, cũng nên cân nhắc về dịch vụ bảo hành, bảo trì sau này