1/Vấn đề luật Sharia, thành lập Quân đội Giải phóng Nhân dân Sudan và chiến tranh bùng phát trở lại năm 1983.
Ở phần trước đã đề cập, năm 1972 chính phủ Sudan và quân du kích Anya-Nya đã ký thỏa thuận hòa bình tại thủ đô Addis Ababa của Ethiopia. Thỏa thuận này mở ra thời kỳ có lẽ là tươi sáng nhất trong lịch sử hiện đại của Sudan. Trong 10 năm đó, việc khai thác dầu khí chung ở các mỏ dầu phía Nam là nền kinh tế của Sudan phát triển thịnh vượng rất nhanh.
Về chính trị, sau khi đàn áp ************* Sudan trong năm 1972, chính phủ của Jaafar Nimeiry đã quyết định giảm bớt sự phụ thuộc vào Liên Xô. Các cố vấn Liên Xô, Đông Đức,...rời khỏi Sudan, cùng với đó là sự lạnh nhạt trong quan hệ. Điều tương tự đã xảy ra ở Ai Cập sau đó. Cùng với đó, Jaafar Nimeiry cũng đưa Sudan xích lại gần các nước Arab anh em, nhất là Libya, Ai Cập,... Jaafar Nimeiry xây dựng một mối quan hệ rất gần gũi với Muammar Gaddafi của Libya, gần gũi đến mức vào những năm 1980 người ta từng nghĩ rằng Libya và Sudan sẽ sáp nhập thành một.
Tuy nhiên, vấn đề đối nội của 2 miền Sudan vẫn tồn tại những khúc mắc nhỏ, mà khúc mắc lớn nhất chính là ''Luật Sharia''. Luật Sharia là bộ luật hà khắc nhất của Đạo Hồi, chỉ được những quốc gia Hồi giáo bảo thủ nhất áp dụng nhưng cũng từng bị Taliban áp đặt tại Afghanistan sau khi kiểm soát đất nước. Bộ luật này bao gồm những quy định và hình phạt tàn khốc như: chặt tay chân kẻ trộm, ném đá đến chết phụ nữ ngoại tình, giết hại người đồng giới, phụ nữ phải che kín mặt,...Chính vì những điều lệ khắc nghiệt vậy mà khi ký thỏa thuận Addis Ababa năm 1972 đã nhất định đòi điều khoản: không được áp dụng luật Sharia vào Khu tự trị Nam Sudan.
Nhưng nhưng sự tồn tại của một khu vực Nam Sudan tự do ''không Sharia'' bên cạnh làm những nhân vật bảo thủ trong chính quyền ở Khartum lo ngại nó sẽ kích động ý định đòi tự do khỏi luật Sharia của những người dân ở Sudan. Vì vậy, họ liên tục gây sức ép lên Tổng thống Jaafar Nimeiry, buộc ông tái áp đặt Sharia lên Nam Sudan, hoặc nếu cần thiết, bãi bỏ quy chế tự trị của Nam Sudan. Đến năm 1983, sau ngót 1 thập kỷ hòa bình, Tổng thống Jaafar Nimeiry chịu áp lực của phe Hồi giáo đã phải ra lệnh ''Sudan là một quốc gia Hồi giáo, khu tự trị Nam Sudan sẽ bị bãi bỏ và luật Sharia được áp dụng lên Nam Sudan''. Đây là sự kiện đã thổi bùng lại ngọn lửa xung đột giữa 2 miền.
Ngay sau sắc lệnh của tổng thống Jaafar Nimeiry, các tay súng du kích Anya-Nya cũ ở Nam Sudan đã tái tập hợp cho một cuộc chiến chống lại chính phủ Sudan lần thứ 2. Nhưng lần này, không phải là các nhóm nhỏ lẻ phi chính trị như lần trước, lần này họ thành lập một quân đội thống nhất với đường lối rõ ràng. Tháng 9 năm 1983, ngay sau khi Luật Sharia có hiệu lực ở Nam Sudan, Quân đội Giải phóng Nhân dân Sudan - gọi tắt là SPLA ra đời do John Garang lãnh đạo. SPLA đi theo đường lối Marxist, được Liên Xô và nước láng giềng Ethiopia ủng hộ. Ethiopia trở thành một nước XHCN vào năm 1974, đã cung cấp căn cứ huấn luyện cho SPLA trên lãnh thổ Ethiopia.
Nhưng điều tai hại, là không phải người Nam Sudan nào cũng ủng hộ đường lối Marxist của SPLA. Những chiến binh chống SPLA đã thành lập một lực lượng riêng cho mình, gọi là ''Anya-Nya 2'', ngụ ý tự cho mình kế thừa cuộc đấu tranh của các du kích Anya-Nya trong Nội chiến Sudan lần 1 trước kia. Vì sự chia rẽ này mà trong cuộc Nội chiến lần 2 này, dù quân đội chính phủ Sudan không mạnh, các lực lượng Nam Sudan dù được nước ngoài tiếp sức vẫn không đánh bại được quân chính phủ và thường xuyên đối đầu qua lại nhau.