Bệnh tật và thực dân Tây ban nha đã cùng nhau giết chết hàng triệu người dân da đỏ. Sự tàn ác của thực dân Tây ban nha vẫn được lưu truyền đến ngày nay: khi vị tướng Pizarro cùng với 200 quân lính đến cùng với các loại vũ khí được chế tạo bằng kim loại, họ đã cùng 20,000 quân của lực lượng nổi dậy là người các bộ lạc khác bị người Inca cai trị đã làm lụi tàn cả một nền văn minh ( có nhiều người nhầm lẫn là chỉ có nhõn 200 lính Tây ban nha mà tiêu diệt được cả triệu người da đỏ là không đúng. Nếu chỉ 200 tên lính thì vài vạn người Inca mỗi người chỉ cầm một viên đá chọi lại cũng đủ nát bét xác ). Khi bắt được vị vua đang trị vị khi đó là Âthualpa và hoàng hậu, tụi thực dân đã hãm hiếp hoàng hậu và đòi người Inca phải mang vàng ra chuộc vị vua của mình. Số vàng chuộc bằng trọng lượng cơ thể của vị vua. Không ngờ chỉ sau một ngày người Inca đã mang số vàng bằng cả diện tích căn phòng giam đang giam giữ vị vua tội nghiệp kia. Kết quả là vị vua vẫn bị giết chết và số vàng được mang hết về mẫu quốc cùng với vô số những châu báu khác bị vơ vét trong khi viễn chinh.
Thực dân Tây ban nha đã ra sức tàn phá những kiến trúc của người Inca trong đó những công trình tôn giáo gần như là bị hủy diệt, tuy nhiên việc xóa hết là gần như không thể bởi những công trình đó được xây dựng hết sức chắc chắn, khoa học và toàn bằng đá : thứ vật liệu không dễ gì phá hủy. Đối với những nhà dân người tây ban nha thay những ngôi nhà mái lợp rơm rạ bằng những mái ngói kiểu đặc trưng châu Âu. Và đó đã tạo nên một phong cách kiến trúc hài hòa, đẹp mắt và cũng rất bền vững