Chùa Manuha được xây dựng giữa thế kỷ 11 dưới thời vua Manuha, cho nên chùa mang tên ông vua này luôn. Manuha là vị vua cuối cùng của vương quốc Thaton, vương quốc này bị tiêu diệt năm 1057 bởi vua Anawrahta của vương quốc Pagan.
Để dễ hình dung thì giữa thế kỷ 11, vùng lưu vực sông Ayeyarwadi bị phân chia thành nhiều vương quốc (như kiểu 12 sứ quân ở Việt Nam), sau đó vua Anawrahta của vương quốc Pagan, tiêu diệt hết các vương quốc khác, thống nhất đất nước (giống như Vua Đinh Tiên Hoàng diệt hết loạn 12 sứ quân).