Đúng là xung đồng hồ càng cao thì tốc độ xử lý càng cao. Tuy nhiên nó còn phục thuộc cấu trúc của CPU nữa. Các loại CPU dùng trong máy tính phổ thông thường là loại đa năng, nó nhét nhiều chức năng vào 1 con chip. Với loại CPU chuyên dùng thì khác hẳn, với nhiệm vụ chuyên dùng được thiết kế thì nó thực hiện nhanh hơn rất nhiều với CPU đa năng.
Ví dụ như cùng thực hiện phép toán đơn giản cộng trừ nhân chia thì với CPU đa năng nó phải dùng hàng trăm xung đồng hồ để thực hiện xong phép tính. Như với CPU chuyên dùng với cùng phép tính nó chỉ cần vài xung đồng hồ thôi.
Việc quảng cáo tốc độ siêu máy tính thực hiện hàng tỉ tỉ phép tính/giây cũng chỉ mang tính tương đối thôi. Còn phục thuộc vào bài toán, giải thuật, lập trình nữa. Lúc đó mới đáng giá được hiệu năng thực sự của siêu máy tính.
Cũng giống như học sinh giải toán thôi. Cùng bài toán, cùng kết quả nhưng có người làm rất dài, có người làm rất ngắn vậy