Thứ nhất là vụ TKV và các doanh nghiệp (Công ty cổ phần Xi măng Hữu Nghị - Phú Thọ, Công ty cổ phần Xi măng Hà Giang và Công ty cổ phần Bình Nguyên - Đắk Nông) đã vi phạm nghiêm trọng các điều khoản chủ yếu của hợp đồng kinh tế về điều kiện giao hàng và thanh toán, dẫn đến mất vốn giá trị trên 30 tỷ đồng.
Thứ hai, Hội đồng quản trị, Tổng giám đốc TKV và Tổng công ty Khoáng sản (thời kỳ trước 31/12/2005) đã quyết định chủ trương và quản lý quá trình thực hiện đầu tư tài chính thiếu cơ sở pháp lý và thực tiễn, vi phạm các quy định của pháp luật, buông lỏng quản lý, bảo lãnh nợ vay vượt thẩm quyền… Hậu quả là một số khoản đầu tư không có hiệu quả, thua lỗ, mất giá trị rất lớn.
Cụ thể tại Công ty Southern Mining Co.,Ltd lãng phí, mất vốn 77,6 tỷ đồng. Vi phạm các quy định của pháp luật trong việc xây dựng, phê duyệt phương án đầu tư, quyết định chủ trương góp vốn cổ phần, sử dụng nguồn vốn không đúng quy định để đầu tư dẫn đến không mang lại hiệu quả, lỗ, mất vốn đầu tư trên 76,4 tỷ đồng tại Công ty cổ phần Vận tải thuỷ - Vinacomin; tại Công ty cổ phần Đầu tư phát triển Khu kinh tế Hải Hà mất vấn gần 47,9 tỷ đồng; tại Công ty cổ phần Đóng tàu Sông Ninh nợ không có khả năng thu hồi gần 52,6 tỷ đồng; Công ty Kim loại màu Thái Nguyên bảo lãnh không đúng thẩm quyền phải trả nợ thay ngân hàng Eximbank 13.785.678 USD; việc đầu tư, thành lập Công ty cổ phần Crômit Cổ Định Thanh Hoá không có hiệu quả, gây lãng phí số tiền gần 437 tỷ đồng.
Vụ thứ ba là việc thực hiện đầu tư một số khoản ra nước ngoài nhưng không có sự điều tra, khảo sát kỹ để lập, thẩm định, phê duyệt phương án, quyết định đầu tư phù hợp với thực tế, khả thi và hiệu quả theo quy định. Điều này dẫn đến lỗ, mất vốn trên 303 tỷ đồng (Công ty liên doanh khai khoáng Stung Treng, Campuchia 111,45 tỷ đồng; Công ty liên doanh Alumia, Campuchia thăm dò mỏ bauxite 184,78 tỷ đồng; Công ty TNHH Vinacomin-Lào Cai khai thác mỏ muối 37,9 tỷ đồng và dự án Mỏ sắt Phu Nhuon, Lào…).
Vụ việc thứ tư là nghiệm thu, thanh toán khối lượng thuê ngoài vận chuyển đất đá tại 2 công ty than Đèo Nai và Cao Sơn vi phạm quy định về sử dụng đăng kiểm tải trọng xe, với tổng khối lượng trên 43,4 triệu m3, trị giá 347,6 tỷ đồng.
