Thật ra ngay từ năm 1999, Khodorkovsky và tay chân của ông ta đã rất tích cực sử dụng một phần đáng kể tiền bạc của mình để vận động hành lang cho các quyền lợi của công ty, của ngành dầu khí và giới thương gia hàng đầu trong các cấp cơ quan chính quyền (như Duma quốc gia, Hội đồng liên bang, Chính phủ v.v…) cũng như cải thiện hình ảnh của công ty trong xã hội nước Nga.
Trong cuộc bầu cử Duma, Khodorkovsky không tiếc tiền bạc ủng hộ cho nhiều đảng phái thân cận, đưa tay chân đại diện của mình vào Quốc hội hay vào vị trí lãnh đạo tại những khu vực mà YUKOS đang tập trung khai thác.
Năm 2002, Khodorkovsky tiến thêm một bước với việc dùng tiền bạc của mình thành lập ra quỹ “Nước Nga mở” với mục đích được tuyên bố là “khẳng định lòng tin của xã hội đối với giới doanh nghiệp lớn, những người đã nhận thức được trách nhiệm xã hội của mình đối với người dân”.